内设机构10个,分别为立案庭(诉讼服务中心、诉调对接中心、信访办公室)、海事审判庭、海商审判庭、执行局、
洋山深水港派出法庭(自由贸易试验区法庭)、
长兴岛派出法庭、审判监督庭(研究室、审判管理办公室、执行裁判庭)、综合办公室、政治部(机关党委、监察室)和司法警察支队。
上海市沿海海域(包括洋山深水港及附近海域)和长江浏河口以下的通海可航水域。海事法院受理案件类型有海事侵权纠纷案件、海商合同纠纷案件、海洋及通海水域开放利用与环境保护纠纷案件、其他海事海商纠纷案件、海事行政案件及海事特别程序案件。