闽台历史文化研究院于2020年11月18日在福州市揭牌成立，将以闽台历史文化研究与交流为重点，探索两岸交流合作的新模式、新机制、新办法。

2020年11月18日，中共中央台办、国务院台办副主任龙明彪，福建省委常委周联清，福建省副省长崔永辉，原文化部副部长王文章，中国国际文化传播中心执行主席龙宇翔，中外友好国际交流中心主任柯志华等出席闽台历史文化研究院揭牌仪式。台湾省知名人士连战、王金平、冯明珠等也分别为闽台历史文化研究院的成立发来贺词。

闽台历史文化研究院于2019年4月由国务院台办批复设立，坐落于福州市三坊七巷塔巷30号王麒故居(国家级文物保护单位)，院落占地1600平米。

2023年5月18日，“源古流新——2023两岸博物馆文创品特展”在位于福建省福州市三坊七巷塔巷的闽台历史文化研究院开幕。