厦门大学附属福州市第二医院是福州市内建院最早的西医医院，前身为英国皇家海军、英国领事馆合办的“海港医馆”。福州市第二医院始建于1866年，1887年易名为“塔亭医院”；1956年3月，厦门大学附属福州第二医院定名为“福州市第二医院”。2012年4月，厦门大学附属福州第二医院成为厦门大学非直属附属医院。医院占地面积26146平方米，建筑面积80335平方米，是一所集医疗、科研、教学、预防、康复为一体的中西医结合医院，为厦门大学附属中山医院，福建医科大学、泉州医学高等专科学校、福建卫生职业技术学院教学医院，厦门大学骨科、神经外科硕士研究生培养基地，福建中医药大学骨伤博士、硕士研究生及中西医结合临床医学硕士研究生培养基地。全院拥有福建省中西医结合学会，福建省中西医结合急诊医学分会，福建省中西医结合学会肿瘤分会、急诊分会、检验分会，福州市中西医结合学会。作为一所三级甲等医院，厦门大学附属福州第二医院以骨科为龙头，集医、教、研、康复为一体，为福州市及周边地区提供高质量的医疗服务。医院骨科创建于1958年，拥有床位658张，18个病区。2023年6月19日，由福州市第二医院牵头，整合福州市第四医院、福州市妇幼保健院，成立福州市第二总医院。

医院始建于同治五年(1866年)，前身为英国皇家海军、英国领事馆合办的“海港医馆”。1887年易名为“塔亭医院”，1954年更名为“福州市第二医院”，1984年经福建省人民政府批准，增挂“福建省福州中西医结合医院”。1997年1月为全国首批三级甲等中西医结合医院之一。2009年被国家中医药管理局确认为全国重点中西医结合医院建设基地之一。

医院1986年被卫生部评为全国文明医院，1993年被授于国家级"爱婴医院"称号，1989年以来连续被市委、市政府评为文明单位、市军警民共建先进单位。1996年5月被国家中医药管理局评为三级甲等中西医结合医院，1997年被评为省创文明行业、建满意窗口示范单位，市先进示范单位，医院党总支被评为福建省党员教育先进联系点，4个护理站被授予省、市、局"青年文明号"。数十名医护人员荣获福州市"十佳公仆"、省、市劳动模范、"国际劳动节"劳动奖章获得者，全国优秀护士、省，市优秀共产党员。精神文明建设积极分子、新长征突击手、市“三八”红旗手、市巾帼建功奖、有突出贡献专家等荣誉称号。

医院拥有美国超导型核磁共振(MR)、螺旋CT、全自动生化分析仪、全功能彩超、人工肾血透机、日本岛津电视遥控X光机、C臂X光机、麻醉机、碎石机、远程心电监护仪等先进医疗设备以及设备先进的重症监护病房(SICU CCU)，为临床医疗水平的提高奠定了基础。

改革开放以来、医院共完成省卫生厅科研顶目13项，市科研项目15项，申报国家中医药管理局科研项目l项，著书6本。获省优秀科技成果二等奖6项，省卫生厅医药卫生进步二等奖l项，省金桥工程奖l项，省科学技术三等奖l项，市科学技术进步三等奖8项。1996年骨科被省卫生厅评为科技推广先进集体，1997年中标省卫生厅科研项目3项，市科委科研项目4项，1998年中标省市科研项目6项。