Molecular 植物界创刊于2008年，目前已被SCI、Medline、CA、BA和FSTA等10多种数据库收录；该刊由Molecular Plant上海编辑部与英国牛津大学出版社（OUP）合作出版。MP使用由美国HighWire出版社开发的Bench\u003ePress稿件处理系统。目前投稿免收审稿费、彩图费和版面费。

据美国科学信息研究所(ISI)2010年6月18日公布的《期刊引用报告》(JCR)，由中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所（IPPE）与中国植物生理与植物分子生物学学会（CSPP）主办，中科院上海生命科学信息中心生命科学期刊社承办的学术期刊Molecular 植物界 2010年度影响因子(IF)为 4.296。

该影响因子在112种中国SCI期刊中排名第四，在植物科学领域的国内期刊中位列第一。在JCR报告收录的全球190种国际植物科学期刊中排名第14（位列前8%）。

2022年6月28日公布的2021年度《期刊引证报告》（Journal Citation Reports，JCR）显示，由中国科学院分子植物科学卓越创新中心与中国植物生理与植物分子生物学学会共同主办的《分子植物》(Molecular Plant) 期刊SCI影响因子突破20分大关，上升为21.949，跃居植物科学研究类期刊全球第一，表明《分子植物》办刊成果取得重大突破，成为植物科学领域顶尖期刊之一和世界一流科技期刊。

2022年2月17日，2021年中国卓越科技期刊十大最美封面正式发布，《分子植物》入选。