冯祺出自东莞新世纪青年队。2009年，他随队夺得全国青年男篮联赛冠军。2009年12月20日，在2009-10赛季
中国男子篮球职业联赛常规赛
深圳新世纪烈豹篮球俱乐部客场不敌福建男篮的比赛中，冯祺替补出场7分钟，上演CBA职业生涯首秀。2010-11赛季，他随队打进CBA季后赛四强。2012年9月27日，冯祺转会加盟青岛双星男篮。2013-14赛季，冯祺成为青岛双星重要轮换球员。2014-15赛季，冯祺加盟上海东方男篮。2016年7月，他加盟深圳男篮，但由于得不到出场机会，于2016-17赛季结束后离队。2018赛季，冯祺加盟
全国男子篮球联赛湖南金健米业男篮。他随队获得NBL总决赛亚军。2019年5月，冯祺加盟广西威壮男篮。随后他帮助球队2次夺得NBL总决赛冠军（2021、2022）、3次获得NBL总决赛亚军（2019、2020、2023）。
2009年12月20日，在2009-10赛季CBA常规赛
深圳新世纪烈豹篮球俱乐部客场不敌福建男篮的比赛中，冯祺替补出场7分钟，上演CBA职业生涯首秀。2010年2月24日，他在CBA常规赛第26轮东莞马可波罗96-76大胜北京金隅的比赛中首发上场34分钟，得到11分2篮板3助攻。这也是他CBA职业生涯的首次首发。两天后，冯祺首发出场40分钟，砍下17分2篮板4助攻，帮助东莞马可波罗102-98击败天津荣刚，同时得分创职业生涯新高。2009-10赛季，他共出战16场常规赛，场均出场17.3分钟，得到4.8分1.3篮板2.3助攻。
在2010-11赛季
中国男子篮球职业联赛常规赛中，冯祺共出场22次，场均上场12.4分钟，得到3分1篮板，随
深圳新世纪烈豹篮球俱乐部以25胜7负的战绩排名第三晋级季后赛。2011年3月23日，在CBA季后赛东莞马可波罗不敌浙江广厦的比赛中，冯祺替补出场12分钟，上演CBA职业生涯季后赛首秀。他最终随队打进CBA季后赛四强。
2012年9月27日，冯祺转会加盟青岛双星男篮，双方签约三年。12月7日，在2012-13赛季
中国男子篮球职业联赛常规赛青岛双星84-114不敌辽宁衡业的比赛中，冯祺首发出场41分，砍下12分5篮板7助攻4抢断，助攻和抢断数均创职业生涯新高。2013年1月1日，他在青岛双星主场不敌广东东莞银行的比赛中砍下18分，刷新职业生涯得分纪录。2012-13赛季，冯祺共出战29场常规赛，场均上场17.3分钟，得到4分1.6篮板1.6助攻。
2013-14赛季，冯祺成为青岛双星重要轮换球员。2014年2月12日，在CBA常规赛青岛双星客场不敌
辽宁沈阳三生飞豹篮球俱乐部的比赛中，他出场40分钟，15投9中，得到25分2篮板2助攻，得分创职业生涯新高。该赛季，他在常规赛出场34次，15次首发，场均出场25.8分钟，得到8.4分1.7篮板1.6助攻。
2014-15赛季，冯祺加盟上海东方男篮。该赛季，他代表球队共出战27场常规赛，场均出场12.1分钟，贡献4.1分1.3篮板1助攻的数据。2015-16赛季，冯祺在上海男篮没有得到出场机会。2016年7月，深圳男篮宣布冯祺加盟球队。2016-17赛季，他在深圳男篮也得不到出场机会。赛季结束后，冯祺离队。
2018赛季，冯祺加盟NBL湖南金健米业男篮。该赛季，他在常规赛出场26次，场均得到13.9分2篮板，帮助球队排名常规赛第三晋级季后赛。最终，他随队在总决赛中不敌
陕西信达篮球俱乐部，获得亚军。
2019年5月，冯祺加盟广西威壮男篮。2019赛季2020赛季，他帮助
广西威壮篮球俱乐部在NBL常规赛中均排名第一晋级季后赛，但在总决赛中两次不敌
安徽文一篮球俱乐部，均获得亚军。
在2021赛季和2022赛季NBL比赛中，冯祺随广西威壮均以常规赛第三名晋级季后赛。在总决赛中，他帮助球队两次战胜陕西信达，均获得冠军。2023赛季，冯祺帮助广西威壮以常规赛第三晋级季后赛。在总决赛中，冯祺随球队不敌安徽文一，获得亚军。