该剧主要描述的是在一片崎岖险峻的山峦中，存在一个被狼群守护的神秘山谷，里面定居着柳朗月、
金城和金堡这三位与外界隔离的师徒，讲述了他们在江湖中的故事。
传说中神秘而险峻的狼谷由具有通灵能力的狼群守护着。角色金城（由于波饰演）被描绘为大地之子，与狼儿为伍，在面对敌人时毫不留情。柳朗月（由温碧霞饰演）是金城的师父，曾被父亲易靖的红颜知己兰姨帮助，在与世隔绝的谷中建立了狼嗥山庄。这座山庄就像柳朗月一样冰冷可怖，隐藏着各种神秘之处。柳朗月的原名是易水云，出生于高贵家族，擅长隐身术。因为被岳狄的胞兄岳王爷（岳霆饰演）陷害，被指控窃取珍贵宝物“白玉夜明珠”和叛国罪，被平遥王下令活活烧死，并诛杀她的家族。然而，易水云幸免于难，并由神医佟远的巧手为她做了一张新的脸皮，改名为柳朗月，重新活了过来。然而，只要离开寒冷的狼嗥谷，她脸上的伤口就会溃烂。柳朗月只能把血海深仇交给收养了她几十年的徒弟金城和金堡去执行。
有一天，金城和他一起长大的灰狼在山谷下玩耍，却遭到了残忍的猎人用毒箭射杀的袭击。金城为了阻止猎人剥下灰狼的皮，奋勇反击，与猎人展开了激烈的战斗。最终，金城成功刺死了那名猎人，但惊人的事实是，那名猎人竟然是岳王爷的长子岳天麒。可能是命运的安排，
金城在临死之际被上山采蜂的
佟馥儿（由
梁小冰饰演）救了。她是当年替柳朗月换脸的神医佟远的独生女儿，擅长用毒蜂的蜂针刺入病人穴道治病，被称为“神针”。馥儿及时将中了毒箭的金城救回了生命。由于这次奇妙的相遇，两人一见钟情，彼此将对方视为今生等待的爱人，毅然决定生死相许。然而，馥儿因为替岳王爷的次子岳天麟治疗哮喘病，使得天麟不仅神奇地康复，同时也爱上了馥儿。
善良的天麟还数度在危难中救过金城，两人因而结成患难兄弟坑厚，但三人之间的感情却是一道难解的习题。馥儿也为柳朗月医好了脸伤，使她能离开“狼嗥谷”以新的身份进入镇国将军府之中，借纪人杰之手向岳霆展开报复计划。此时当年为她变脸的关键人物佟远却落入了岳狄手中，柳朗月只得下令
金城将佟远杀之灭口，馥儿痛失父亲，金城也失去了馥儿的爱，两人在杀父之仇的阴影下，痛不欲生情路更加坎坷。恶贯满盈的岳霆也有一个惊人的秘密，原来天麟是当年柳朗月遭岳霆玷辱所生，后被兰姨悄悄送出“狼嗥谷”，因缘际会进入岳家。柳朗月偶然发现这一惊天真相，决心借天麟之手除掉他的亲生父亲岳霆，让世间最惨绝人寰的悲剧发生在他们父子的身上，岳妻因丈夫的兽行羞愧自尽，岳天麟身心受到严重打击，性情大变。
金城为阻止柳朗月与天麟母子相残、两败俱伤的悲剧发生，冒死将“白玉夜明珠”交给平遥王，想揭发岳霆的罪状，岂料金匠竟轻易将金城的那颗夜明珠击碎，并指出金城和夜明珠都是另有所图的冒牌假货。原来是与馥儿争抢金城之爱的蔷蔷，因被金城拒之门外，转而与岳霆谋合。岳霆早已将真的夜明珠换走，金城以欺君之罪被打入大牢，等候处死。柳朗月明知自己容貌已变，根本无法取信平遥王，但是师徒情深，坚持就是牺牲自己性命也要救金城企凳茅脱险，章笑巴并令馥儿、兰姨、金堡等人返回狼嗥谷保命；棕婶定霸可众人竟异口同声地抗命，愿与柳朗月同生死，共患难。但此时已经醒悟决心以自己之力消灭所有仇恨的柳朗月重用一直并未消失的母爱唤回了岳天麟尚未泯灭的人性，却又因此落入岳霆手中。亏得母子情深，天麟冒死救母并奉送夜明珠，怎奈此后柳朗月就失去下落，令众人担忧。直至再次出现，却早已失去所有记忆，只记得少女时的恋人岳狄，与他重叙旧情。
二十五年前“爱美人不爱江山”的平遥王，曾为早逝的爱妻德妃建立一座琉璃宫，并不择手段杀害整整一族人，夺取了“云族”的白玉和青芒两颗夜明珠以保存德妃的容貌形体不腐。“白玉夜明珠”遭窃，德妃身形消失，只留下一滴眼泪，一副空棺，平遥王因此将窃贼易水云恨之入骨，但却对易水云化身成的柳朗月赞赏有加，并因为柳朗月能与德妃的灵魂沟通，而视柳朗月为身边不可缺少的人物推心置腹。金城发现受历代平遥王保护的净心道观中，
住持慧悟仙师竟与岳霆有勾结，还密训地下军队准备谋反，而慧悟却和兰姨、柳朗月有着千丝万缕的同门之谊、同样均为隐身术传人的关系。经深入追查，一个惊天大秘密浮现了。原来慧悟是被平遥王灭绝的“云族”幸存者，当记多轿年隐身入宫爱上了年轻英俊的平遥王，竟假扮德妃与宿醉的平遥王有了一夜情，怀了金城。却又因不容于王宫和族人，把初生的金城遗弃在狼嗥谷。她潜居净心道观二十多年，一心要向平遥王报复当年的遗弃之恨。云族的
白玉、青芒夜明珠和玄光铜镜三样宝物，如果在适当时刻同时启动，可以让凡人羽化升天、得其所愿。慧悟想带着她始终不能忘情的平遥王和亲生儿子金城，一起离开这充满痛苦的凡尘，而岳霆想拥有这三件宝物一举称霸当上平遥王。大出所有人意料，三宝汇聚产生的日月玄光，造成的却是毁天灭地的灾祸。罪孽的岳霆自食恶果，慧悟含恨而终，平遥王却如愿以偿地与他痴恋的德妃相聚了，并把平遥王位留给失散多年的骨肉金城，但金城却把王位交给师弟金堡，自己选择飘然而去。二十五年来饱受折磨却旧情难忘的岳狄和易水云终于又重新聚首，携着兰姨和天麟重新回到了云族。重新复苏的云族将拥有正常的婚姻，不论男女都会拥有幸福和谐的生活。当
金城独自一人回到狼嗥谷，没有想到迎接他的除了成群的小狼之外，还有原本已经嫁给岳天麟的馥儿，这使得“狼嗥谷”将不再冰冷，成为充满了欢笑与希望的乐土。
该剧拍摄的时候，
山西省大部地区天寒地冻，气温在零
摄氏度以下，拍摄现场工作人员已经被冻得缩手缩脚，但只要导演一喊开机，坐在阴冷屋子里拍戏的
温碧霞立即敬业地脱下大衣
上海戏剧学院，露肩
吊带的
长裙外就披上一层薄纱。
碧霞说这部戏后她就再也不接拍电视剧了，因为从当年的《
火玫瑰》开始，到现在这部《幻影神针》，她“基本上什么角色都演过了，最好的、最有挑战性的都差不多”，所以这次后她再也不拍电视剧了。
《幻影神针》，是继《
魔界之龙珠》之后推出的又一奇情武侠剧，在
广州广播电视台首播便以最高10.1%的成绩获得同时期收视冠军，《幻影神针》虽然没有宁静那样的一线女星，充其量是
温碧霞、港姐
梁小冰、
李珊珊等二三线的过气港星，仍然能冲破一播出就有最高10点的罕见收视，这与其制作精良、模仿韩剧《
大长今》有关。（
新浪娱乐评价）
《幻影神针》描述了纠缠两代的恩怨情仇，在
山西省地区古老的人文环境和险峻的山型地貌之间，一步步展开了一段惊心动魄的江湖往事。（
北京娱乐信报评）