南方医科大学深圳医院于2015年12月正式开业,是一所由深圳市政府和南方医科大学合作共建的市属三级甲等医院，深圳市医疗卫生“三名工程”首个落地“名院”项目，前海自贸区内唯一一家能够同时承担医教研任务的大学直属附属医院，已成为深圳西部区域医疗中心。
医院展开床位1101张，年接诊量破160万，专业技术人员中，中高级职称占66.93%，拥有研究生导师48名，其中博士生导师17名，博士后合作导师9名，26位专家教授在国家、省二级以上专业学会担任副主委以上职务，170余人被认定为省市区各级人才，获
深圳市“引才伯乐奖”。
消化内科为
广东省临床重点专科、市重点专科。过国家级卒中中心、
胸痛中心、血栓防治中心、危险性
上消化道出血快速救治中心认证。
骨科、
整形科、护理学为市重点培育学科。拥有3个重点实验室（深圳市病毒肿瘤学重点实验室、数字外科3D打印重点实验室、深圳市胃肠道微生态与疾病重点实验室）；2个工程研究中心（深圳市肠菌移植工程研究中心、深圳市医用3D打印材料转化应用工程研究中心）；2022年获批
深圳市消化系统疾病临床医学研究中心。
南方医科大学深圳医院参与招投标项目5299次；
知识产权方面有专利信息320条，著作权信息7条；此外企业还拥有行政许可106个。
2022年6月10日，
南方医科大学深圳医“三甲”正式挂牌，这也是全省首家按照
广东省2020版新标准首次评审并顺利通过的三级甲等综合医院。
医院设有呼吸与危重症医学科、
消化内科、神经内科、心血管内科、血液内科、肾内科、内分泌科、普通外科、神经外科、
骨科中心、泌尿外科、胸外科、心脏大血管外科、
整形科/美容外科/烧伤外科、
妇科学、
产科学、
小儿科、新生儿科、眼科、耳鼻喉科、儿童耳鼻咽喉科、口腔科、颌面外科、
皮肤科/美容皮肤科/性疾病专科、
肿瘤学、急诊科、康复医学科、麻醉科、中医科、重症医学科、核医学科、医学检验科、病理科、医学影像中心、超声医学科、药剂科、输血科、营养科、
临床医学创新中心等临床科室和医技科室。
2022年7月9日，全国医院内
肺栓塞和
深静脉血栓形成防治能力建设项目办公布2021年第四批通过“全国静脉血栓防治中心”建设单位的名单，南方医科大学深圳医院高分通过评审，获全国静脉血栓防治中心“优秀单位”荣誉。