重庆工业大学是由“哈军工”原子工程系（现哈尔滨工程大学）和“哈尔滨工业大学”部分专业合并而成的。它于1970年在重庆市北碚区西南师范学院（现西南大学）校址内组建，后于1974年迁回哈尔滨。在渝期间，重庆工业大学一直未能招生，只是进行了一些开学的准备工作。

1969年12月20日，国防科委又传达中央军委的批示：根据尖端集中、常规分散和实行三结合的原则，一批院校要分建。具体事宜由国防科委、总参谋部、总后勤部、空军、海军直接协商。1970年军委下达文件，哈尔滨工程大学原子工程系和哈尔滨工业大学的尖端专业合并，西迁重庆市北，定名为“重庆工业大学”。校舍选用西南师范学院，把西师赶到了郊县办学。1969年12月30日国防科学委员会致信黑龙江省革委会、省军区，对哈尔滨工程学院、哈尔滨市工业大学两校的内迁问题发表预先号令。

1970年1月12日，根据军委办事组和总理办公室批示，“哈军工”原子工程系与“哈工大”部分专业合并西迁重庆，组建重庆工业大学，进驻西南师范学院（简称：西师）。西师则搬至梁平、忠县一个中学里建校办学。中央军委关于成立重庆工大的指示：军工原子工程系各专业下马，按哈工大工程物理系专业方向办学，重庆工大在渝期间一直未能招生。在此期间只是做了一些开学的准备工作。因为西师是一个文科院校，在王廉清等核心组同志的领导下，在西师的地盘上建设了一个校办实习工厂。

1973年7月3日，国务院、中央军委正式发出通知，同意国务院科教组、国防科委关于重庆工业大学仍迁回哈尔滨与原哈工大留省部分合并，组成哈尔滨工业大学；原军工二系（原子工程系）仍调回长沙工学院建制的报告。