2006年10月7日，他在网上发出《关于征集就告别中医中药而致国家发改委公开信签名的公告》签名活动。10月10日，卫生部发言人
毛群安在谈到该签名活动时表示，坚决反对取消中医中药的言论和做法。张功耀主要学术著作有《相对论革命》《世界思想文化经典精要·科学卷》，主要出版书籍有《
物理趣话》《
张功耀教授说风水》 《
古今西医概览》 。
张功耀，1956年11月10日出生于湖南
郴州市，在文化大革命中，他曾经当过农民，矿工、民办教师、广播员、大队部秘书。
1978年3月张功耀进入
湖南大学学习《政治学原理》（自然辩证法专门化）（77级），并于1981年底毕业。毕业后进入沈阳风机制造厂工作，从事机械设计和制造。1983年9月，张功耀回到湖南，曾任《自然信息杂志》杂志社编辑，1986年考入
浙江大学攻读科学技术哲学专业科学思想史方向硕士研究生，1986年考入浙江大学攻读科学技术哲学专业科学思想史方向硕士研究生，1988年毕业。曾在1997年加入欧洲科学技术研究协会。
《关于征集就告别中医中药而致国家发改委公开信签名的公告》由张功耀等138人联名在2006年10月7日发布，提出了“废除中医”的主张。这件事情，一下子就成了众人关注的焦点。张功耀以“废医中医”为题发表了一系列文章，以科学哲学的观点质疑了“中医”，在全国医疗界引起了一场关于中医科学性的大讨论。
卫生部新闻发言人表示，中医药既是我们的国粹，也是目前我国医药卫生领域不可分割的重要组成部分。在历史上，中医药为中华民族的繁衍生息和健康做出了不可磨灭的贡献。至今，在现实生活中中医仍是我们解除病痛的一个重要选择。如果有这样的签名行为，是对历史的无知，也是对现实中中医药所发挥的重要作用的无知，卫生部坚决反对这样的言论和做法。卫生部新闻发言人承认，目前中医药的发展确实面临一些现实困难和问题，但是，国家对中医药事业的发展非常重视。“中西医并重”是我国卫生工作的方针之一。
我说的告别中医，并不是说要打破四旧，不是把中医药扫地出门，而是要把中医从国家赶出去。中医药无法继续作为主流医学存在；中医不能侵占国家的医药、科技资源；中医学的观念和方法论，特别是《
黄帝内经》《扁鹊难经》等，都要从根本上消除；在无伤害原则下，保留中医药作为应急选择(没有西医时)和最后选择(西医确定无能为力时)。
张功耀于2007年访问
南京大学，并在此举办了一场对中医提出质疑的演讲，并将于下午七点在南大逸夫体育馆，张功耀通过提出的治疗方案及治疗效果，并以西医为依据，认为中医的治疗效果并无科学依据。张功耀还举例中草药，比如
万年青、
白果等，都被研究人员证明是有毒的，这是一种长期服用的，会有慢性中毒，但如果没有科学的证据，就不一定安全了。认为西药是医学的主流。张功耀在讲话中，强调了中医对人类社会的作用，说：“中医是对真理的践踏，中医破坏科学精神，中医扭曲了人们爱国主义热情”南大学子及众多旁听的学者、教授和老中医们对他的观点并不认同，报告厅一度火药味十足。
“思维比较诡异，有时候他的推理不是常人所能想象的”。“张功耀是个崇尚西方文化，厌恶传统文化的人。”“我曾送过他一本书，里面有关于湖湘文化的内容，可他不承认湖湘文化的存在”。——张功耀的老师