昆明航空有限公司是2007年2月25日经中国民用航空局批准筹建的以昆明长水国际机场为运营基地的民用航空运输企业，2009年2月15日开航。

自开航以来，昆明航空有限公司共引进飞机39架，退出12架，截至2023年，昆航机队规模达30架，运营全波音737机队，其中737-700飞机9架、737-800飞机19架、波音737MAX8飞机2架，平均机龄4.05年。随着机队规模扩大，昆明航空有限公司除了昆明主基地外，先后在太原、滇西（保山市、腾冲市、芒市一体化运行）、长沙市设立了基地。截止2023年，公司累计通航点达100余个，航线近200余条，每天运营航班120余班，在昆明市市场份额占比接近10%。公司员工达2500余人，2019年旅客运输量530余万人次，运输收入预计超过40亿元，日利用率达9.75H。

昆明航空以推动云南省经济发展为己任，通过构建以昆明为中心的国内天干地支结合航线网络和国际航线网络，最终将昆明长水国际机场打造成横跨东南亚、南亚、中东中转至国内及远东的航空枢纽。公司标识昆明航空有限公司以昆明的名义命名，总部设于春城昆明，是代表云南省和昆明市形象的一张金名片。

昆明航空的航徽标志“飞舞的孔雀”与深圳航空“民族之鹏”的企业形象一脉相承，以极富云南地方民族特色的孔雀和祥云为图形创意的原型，寓意昆明航空在祥云之上展翼飞翔。标志中的孔雀代表着善良、聪明、爱自由与和平，象征着吉祥幸福，传统的祥云纹样则很好地代表了云南省的地域特色。整个标志富有浓厚的文化气息，给人留下深刻印象。

2009年2月15日，由深圳航空公司投资控股的昆明航空公司在云南昆明巫家坝国际机场举行揭牌及首航仪式，昆明航空正式开航运营，首飞哈尔滨市。云南省省长、省纪委书记、昆明市市委书记、昆明市长、民航西南管理局副局长、深圳航空总裁等人出席昆明航空首航仪式。

昆航已与全国第五大航空企业深圳航空有限责任公司达成合作意向、正式签署投资协议，引进深航，借助深航特色管理手段、行业领先技术及强大的网络竞争优势，协同并肩共同发展云南省航空市场，振兴地方航空事业。

昆航作为云南唯一一家本土航空企业，制定了“三五七”15年战略发展规划，即：第一阶段3年规划（2008年—2010年）达到10架飞机运力规模。以昆明市为主要运营基地，开辟覆盖云南省内各机场、国内省会城市以及经济发达城市的航线，逐步扩展以昆明为核心覆盖东盟的国际航线，构建干支结合航线网络。5年规划（2010年—2015年）达到20-25架飞机运力规模，新增西安市、广州市两个运营基地，开辟国内主要城市航线和部分国际航线，构建干支为主、支线为辅的航线网络。第三阶段七年规划（2016年—2022年）达到60-70架飞机运力规模，再新增天津市、杭州市两个运营基地，重点开辟国际航线、完善省内和国内航线，构建国内、国际、星际航线并重的航线网络，成为领先云南省航空市场和国内排名前十的航空公司、东南亚以及南亚等国际旅客进出中国的首选航空公司。

昆明航空目前的机队规模达到27架，有波音737-700、737-800和波音737MAX8三种机型。

2012年12月24日，昆明航空向波音公司购买一架全新的波音737800飞机（注册号：B-5702）顺利抵达昆明长水国际机场。

2013年6月30日，昆明航空向深圳航空租赁两架全新737-800飞机，并已于7月1日执行航班。

2014年1月和9月，昆明航空向美国波音公司购买两架全新的B737-800飞机（注册号：B-1926、B-1991）。

2014年10月22日，波音中国总裁IanThomas等高管来访刚落成的位于长水机场的昆明航运营基地办公大楼。双方签署了“十三五”期间的10架737飞机购买协议，包括6架波音737最新系列客机——MAX-7和MAX-8。

2015年11月16日20点10分，一架编号为B-6491的波音737-800全新飞机落地昆明长水国际机场。随着这架飞机的加入，昆航2015年飞机引进计划画上圆满句号，昆航机队规模达到18架。

2016年6月21日至7月1日，昆明航空再次引进三架飞机，机队规模进一步扩大，达到19架，预计在2016年底机队规模将达到21架。

2020年11月10日，昆明航空官网发布消息《关于11月7日KY8205航班的情况通报》：11月7日KY8205昆明-济南市航班（16:02分起飞，计划18:50落地），在下降途中，18:17分，左发出现机械故障，机组及时联系地面指挥，严格按照程序处置，航班已于18:30航班安全落地济南。目前已安排旅客下机并已对后续旅客行程妥善安排。

昆明航空有限公司于2016年8月6日发布的《感觉身体被掏空？你需要这个→》的推送中使用了葛优先生照片做为文章的配图，未经葛优先生许可侵犯了葛优先生的肖像权益，特此发文致歉。

2022年1月4日，中国国航、海航集团、天津航、昆明航等多家航空公司发布通知，根据国家发展改革委、中国民用航空局的相关文件精神，自2022年1月5日零时起（出票日期），取消征收国内航线燃油附加费。

2022年3月6日，昆明航空宣布，从本月27日起，昆明航空在成都运营的航班全部转场至成都天府国际机场运营。

2022年8月1日，昆明航空发布关于调整国内航线燃油附加费的通告。

2023年3月29日，昆明航空发布关于调整国内客票退改签规则的通告称，为提升旅客服务感知，降低航班虚耗风险，结合公司销售业务不断发展，经研究决定，自3月24日（含）（销售日期）起，优化调整公司国内客票自愿退改规则，执行新的国内客票运输使用条件（202303版）。