玛丽女王（1542年12月8日—1587年2月8日），全名玛丽·斯图亚特（Mary Stuart），苏格兰女王，后嫁与法兰西王国瓦卢瓦王朝第十一位国王弗朗索瓦二世后成为法国王后。

苏格兰国王詹姆斯五世死后，他出生仅六日的女儿玛丽·斯图亚特就继位为苏格兰女王，在斯特灵城堡加冕，并由摄政王新教徒阿伦伯爵汉密尔辅政。为躲避来自英格兰的要挟，并争取法国的援助，1548年，五岁的玛丽女王被送往法国，并于1558年4月24日嫁给法国王太子弗朗索瓦，成为法国的王后。在法国，玛丽女王成了虔诚的天主教徒。在法国期间，玛丽女王与刚继位的英格兰女王伊丽莎白在英格兰的王位继承权问题上产生了较大分歧，玛丽女王拒绝在否认其英国王位继承权的《爱丁堡条约》上签字，并在返回苏格兰前宣布自己有权继任英格兰王位。玛丽女王避开英格兰海军的围堵回到苏格兰后，重用其同父异母的哥哥詹姆斯勋爵以及威廉·梅特兰。玛丽·斯图亚特既没有处理好苏格兰境内日益严重的教派矛盾，又与臣民们分属两个宗教集团、秉持不同信仰，导致君臣矛盾日益尖锐然。对外，她是伊丽莎白执政以及英格兰统一战线的建立的绊脚石，她与伊丽莎白的关系日益交恶。在阻止玛丽女王与达恩利勋爵婚事无果的情况下，詹姆斯勋爵在伊丽莎白女王的煽动下发动了皇室叛乱。平叛后，玛丽女王后又嫁给博思韦尔勋爵。玛丽女王与博思韦尔勋爵的婚事遭到了皇室、贵族及天主教徒的一致反对；1567年，苏格兰贵族发动叛乱，将玛丽王后囚禁在列文湖城堡。玛丽王后逃到英格兰后，又被姑母伊丽莎白一世软禁。1587年2月8日，玛丽王后以叛国罪将其斩首，终年45岁。

玛丽·斯图亚特在1542年12月8日出生于苏格兰林利斯戈宫，她的父亲是苏格兰国王詹姆斯五世。同年，詹姆斯五世在与英格兰的索尔威莫斯战役中遭遇惨败，詹姆斯五世备受打击，精神崩溃。玛丽·斯图亚特出生的第六日，詹姆斯五世驾崩。玛丽·斯图亚特是詹姆斯五世的独生女，詹姆斯五世并没有男性继承人。在符合萨利克法典的前提下，玛丽在襁褓中继位，成为苏格兰女王，并在斯特灵城堡加冕。新教徒阿伦伯爵汉密尔担任摄政大臣并统领苏格兰军队与英格兰国王亨利八世率领的英格兰武装部队交战。

玛丽女王的出生让亨利八世改变了其政治军事策略，在英格兰外交官拉尔夫·萨德勒确认了玛丽女王身体健康后，亨利八世与摄政大臣阿伦伯爵汉密尔缔交契约、释放了之前俘虏的苏格兰人，并向苏格兰求亲。根据亨利八世的要求，玛丽女王在十岁后必须前往英格兰，并接受他的督管。此外，契约还规定在玛丽女王十岁之前，英格兰不会干涉苏格兰内政，可若玛丽女王不能为爱德华六世生下孩子，临时结盟将会自动作废。

玛丽女王的母亲，苏格兰王后玛丽·德·吉斯极力阻止，摄政大臣阿伦伯爵汉密尔也在最后关头反对联姻一事。亨利八世攻打苏格兰，并以此逼迫苏格兰政府同意联姻计划。1544年5月，英格兰赫特福德伯爵(后被称为萨默塞特公爵)袭击了爱丁堡，玛丽女王被迫转移到到邓凯尔德避难。

1547年9月10日，英格兰国王亨利八世驾崩的9个月后，苏格兰军队在平基战役中受到重创，玛丽被转移到英奇马霍姆修道院。法国政府接受了苏格兰政府提出的有关玛丽女王与法国王子弗朗索瓦的联姻方案，承诺将派出六千援兵前往苏格兰支援。1548年2月，为了保护玛丽女王的人身安全，她被转移至到了敦巴顿城堡。同年6月，法国六千援兵抵达苏格兰，并与苏格兰军人一起击退了英军，夺回了战略要地哈丁顿。五岁的玛丽女王被送往法国。

1548年8月7日，法国国王亨利二世派遣尼古拉斯·德·维勒加农将军指挥法国舰队护送玛丽女王入法。玛丽女王带着她的四个玩伴和一应随从自敦巴顿出发，穿过英格兰和爱尔兰，进入法国。玛丽女王进入法国后先被安排在圣日耳曼宫居住，詹姆斯五世同父异母的妹妹珍妮特·弗莱明夫人担任其家庭教师之职。

弗莱明夫人于1551年离开法国，法王安排弗朗帕拉索伊斯·德·帕洛伊教授玛丽女王。在法国宫廷生活的时间里，玛丽不仅学会了弹琵琶、刺绣等女红，还痴迷于散文、诗歌、马术、猎鹰等。她还熟练地掌握了除母语苏格兰语外的五种语言（法语、意大利语、拉丁语、西班牙语和希腊语）。

为了欢迎玛丽女王的母亲玛丽·德·吉斯入法看望玛丽女王，法王亨利二世在圣日耳曼宫和枫丹白露宫为其准备了盛大的欢迎宴会。玛丽·德·吉斯在法国期间与亨利二世进行了多次会谈，玛丽·德·吉斯希望法国政府可以向摄政大臣阿伦伯爵汉密尔施压，迫使阿伦伯爵汉密尔交出摄政权。在得到亨利二世的承诺后，在法国逗留了一年时间的玛丽·德·吉斯返回苏格兰。母亲走后，玛丽女王还去拜访了祖母公爵夫人安托瓦内特·波旁，安托瓦内特·波旁是玛丽女王的主要顾问之一。

在玛丽女王生活的时代，苏格兰没有统一的宗教信仰，天主教与新教激烈的斗争着。然而法国却有着统一的宗教信仰天主教。玛丽女王时常被身边贵族带着参加天主教的仪式活动，耳濡目染下，玛丽女王成了虔诚的天主教徒。

玛丽女王与法国王子弗朗索瓦的婚事受到了苏格兰、法国中三股势力的反对。苏格兰新教徒认为苏格兰女王一旦嫁去了以天主教为国教的法国，那么玛丽女王也将看中天主教并打压新教。他们为了破坏玛丽女王与弗朗索瓦的婚事，派人暗杀玛丽女王。然而计划败露，刺客被法王处决。一些法国贵族也反对玛丽女王与法国王子的婚事热。他们认为玛丽女王的母亲是法国望族吉斯家族的后裔，如果玛丽女王与法国联姻，他们的势力势必会被削弱。除此之外，法国王子弗朗索瓦的母亲凯瑟琳王后也不希望弗朗索瓦迎娶玛丽王后。

法国王子弗朗索瓦体弱多病，为了让玛丽女王与儿子弗朗索瓦尽快完婚，亨利二世在玛丽女王十五岁之时，派人前往苏格兰商讨婚礼事宜，并邀请苏格兰派使臣前往法国参加结婚典礼。

玛丽女王与法国王子弗朗索瓦成婚前，为了保障苏格兰的整体利益以及女王的个人利益，苏格兰政府成立了特别委员会与法国代表商谈关于玛丽女王与法国王子弗朗索瓦婚后的相关事宜。经过长时间的讨论，双方达成了共识。首先，玛丽女王婚后将收到法国为其准备的巨额年金，若是弗朗索瓦顺利登基继承王位，此年金翻倍。若是弗朗索瓦未能登基并不幸身故，那么无论玛丽女王去留为何，法国王室将继续给与其应得的年金。

其次，玛丽女王与弗朗索瓦王子成婚后，弗朗索瓦王子有权参与苏格兰一切政务。若是玛丽女王为弗朗索瓦王子生下男性继承人，那此男性继承人将有权同时继承苏格兰和法国两国王位；若是玛丽女王为弗朗索瓦王子生下女性继承人，那该女性继承人不可继承法国王位；若玛丽女王未为弗朗索瓦王子生下继承人，那么法国将无权染指苏格兰王位。除此官方契约，亨利二世还与玛丽女王签订了秘密协约。此协约规定，苏格兰政府需向法王一次性支付玛丽女王在法国期间的所有开销。除此之外，如果玛丽女王无嗣而亡，那她手中的权遗将全部赠给法国王室。

1558年4月24日，玛丽女王在巴黎圣母院嫁给了法国王太子弗朗索瓦。为了展示法国实力，并方便各国使臣宾客观赏婚礼庆典仪式，王室专门为婚礼搭建了一个巨型剧场。婚礼进行当天，亨利二世照例进行撒钱币的活动，该活动在引发了踩踏事件后被终止。为了庆祝玛丽女王的大婚，苏格兰也进行了盛大的庆祝活动。爱丁堡民众用蒙斯·梅格巨炮发射礼炮，向玛丽女王传达了最神圣的祝福。

1559年7月，法国国王亨利二世驾崩，王太子弗朗索瓦登基称王，凯瑟琳王后将手中的权力交给新任法国王后-玛丽女王。继位后的弗朗索瓦专心于国事、重新任命了各机构的大臣。苏格兰方面，玛丽女王的母亲玛丽·德·吉斯在亨利二世的支持下已获得了摄政权。在英格兰的暗中支持下，新教势力愈发强盛，对玛丽·德·吉斯的统治构成了威胁。表面是的新教与天主教的国内教派斗争，实际上则是英国与苏格兰两国的国家斗争。为守住手中的权柄，玛丽·德·吉斯向法国求援，后因忧思过度，于1560年6月11日骤然逝。玛丽·德·吉斯去世后，玛丽女王的丈夫弗朗索瓦也不幸驾崩。弗朗索瓦逝世后，王太后玛戈王后掌权，成为法国的摄政王太后。

1558年，英格兰的伊丽莎白一世继承英国王位。然而，在许多天主教徒眼中，伊丽莎白是亨利八世的私生女，她继承王位是不符合理法的事情。天主教认为玛丽女王的祖母是幸存的亨利七世合法后裔，而玛丽女王才是英国王位的合法继承人。

玛丽女王也认为自己拥有英国王位的继承权。她不仅将英国的国徽绘进了自己的徽章里、拒绝在否认其英国王位继承权的《爱丁堡条约》上签字，还在官方文件里冠以英格兰女王的尊号。玛丽女王此举惹怒了伊丽莎白，伊丽莎白将玛丽女王看做是最有威胁的对手，两人至此成了仇敌。时值玛丽女王决定返回苏格兰，伊丽莎白拒绝授予玛丽女王安全通信证。 为了可以尽快返回苏格兰，玛丽女王表示自己虽有权继承英格兰王位，然而她不会推翻伊丽莎白的统治政权。

玛丽女王执意返回苏格兰主政使得伊丽莎白·亚历山德拉·玛丽·温莎担心玛丽女王返回苏兰格主政后会对英格兰出兵，与她争夺英格兰的统治权。在确认了法国摄政王太后凯瑟琳的中立态度后，伊丽莎白命英格兰驻法国大使思罗克莫顿打探玛丽女王的回程路线，并以清剿海盗的名义命令所有英格兰海军全面戒备。玛丽女王察觉到了思罗克莫顿的来意，并未将具体路线告知。

玛丽女王在凯瑟琳王太后的陪同下行至日耳曼宫，在一众贵族-特别是吉斯家族成员们的陪同下行至加莱。一周后，玛丽女王踏上了回程的船只。在侥幸未被英格兰海军拦截的情况下，玛丽女王于1561年8月19日抵达苏格兰利思港。8月20日苏格兰政府和民众为玛丽女王举行了盛大的欢迎仪式。

回到苏格兰，玛丽女王便对在苏格兰有着极大影响力的她的同父异母的哥哥詹姆斯勋爵（即后来的莫雷伯爵 ）以及贵族威廉·梅特兰加以重用，并在詹姆斯勋爵的帮助下掌握了苏格兰大权。而后，她委托詹姆斯勋爵以及威廉·梅特兰助其管理苏格兰的大小政务。

苏格兰境内的天主教与新教的矛盾随着时间的推移愈演愈烈，天主教日渐衰败，然而在英格兰的暗中帮助下，新教日渐强盛。玛丽女王的母亲玛丽·德·吉斯死后，新教的勋爵们得势，他们极力阻止玛丽女王回国。与此同时，新教信徒对天主教展开了剧烈的暴力征讨活动。新教徒们不仅对天主教教堂进行打砸抢等暴行，还对天主教的仪式进行破坏，特别是弥撒仪式。

玛丽女王回国后，苏格兰的贵族们纷纷加入到了加尔文宗阵营，并以保护真正的教派-新教为由反对玛丽女王的统治。新教改革者约翰·诺克斯甚至公开反对玛丽女王，他谴责她听弥撒、跳舞穿着过于精致。玛丽女王对其规劝无果，以叛国罪对其发起指控，然而他最终被无罪释放。

作为天主教徒，玛丽女王对日益强盛的新教不仅不予以打压还秉持不干涉的态度任其发展，并且任命她的兄弟-新教徒詹姆斯勋爵担任其首席顾问。1561年9月6日任命的16人枢密院中，只有阿索尔伯爵、埃罗尔、蒙特罗斯和大法官亨特利这四个天主教徒。1562年，玛丽女王又同詹姆斯勋爵一道讨伐了天主教巨头亨特利家族。玛丽女王在对待宗教事务上的态度引起了很多苏格兰天主教徒的不满。与此同时，以詹姆斯勋爵为首的苏格兰大臣们多信奉新教。在这样的背景下，君主和臣民分属两个宗教集团，秉持不同信仰，君臣矛盾日益尖锐。

詹姆斯勋爵在确认了玛丽女王即将返回苏格兰之时，便劝说伊丽莎白与玛丽女王冰释前嫌。伊丽莎白在思虑良久后主动与玛丽女王取得联系。伊丽莎白主动写信给玛丽女王，伊丽莎白在信中为之前派海军阻拦玛丽女王回国之事进行解释，并表达了自己想要与玛丽女王交好的善意。之后，伊丽莎白与玛丽女王一直保持着书信联系。

玛丽女王与伊丽莎白表面上都极为珍视这段“友谊”，可两个人却对自己应得的权利各不相让。玛丽女王任命勒廷顿的威廉·梅特兰为大使前往英格兰宫廷，要求伊丽莎白承认自己作为英格兰王位法定继承人应获得的继位权。伊丽莎白担心此举会影响自己的王位，便予以拒绝。玛丽女王与伊丽莎白女王约定于1562年8月或9月在英格兰的约克郡或诺丁汉郡会面，由于法国内战突然爆发，伊丽莎白派亨利·西德尼爵士取消了玛丽女王的访问行程。

1561年2月，在为弗朗西斯哀悼时，玛丽女王见到了达恩利勋爵亨利·斯图亚特。达恩利勋爵的母亲伦诺克斯夫人玛格丽特·斯图亚特是英格兰王位的第三顺位继承人，作为继承人之子，达恩利勋爵也拥有英格兰王位的继承权。对玛丽女王来说，达恩利勋爵也是她的竞争对手之一。1565年2月17日玛丽女王与达恩利勋爵在苏格兰的威姆斯城堡再次见面，玛丽女王对他的喜爱从政治角度彻底转变为内心深处的倾心。

玛丽女王拒绝了伊丽莎白提出的希望其嫁给莱斯特伯爵的建议，接受了达恩利勋爵的求婚。伊丽莎白下旨没收达恩利勋爵父亲的全部土地，并发出开战威胁。见玛丽女王与亨利·斯图亚特的婚事仍没有被解除，伊丽莎白派特使赶往苏格兰称，如果玛丽女王放弃与达恩利勋爵结婚选择与莱切斯特伯爵喜结连理，那玛丽女王对英格兰王位的直接继承权将被承认。然而，玛丽女王却对此建议一口拒绝。詹姆斯勋爵发动兵谏以阻止此婚事。然而，玛丽女王躲过了詹姆斯勋爵手下之人的伏击。1565年7月29日，在没有获得教皇对表兄妹近亲结婚的特许下，玛丽女王与达恩利勋爵于苏格兰荷里路德宫结婚。

玛丽女王与达恩利勋爵结婚后，詹姆斯勋爵在伊丽莎白的煽动下发动公开的叛乱。1565年8月26日，玛丽女王集结兵马从爱丁堡出发，对抗以詹姆斯勋爵为首的反抗军。四天之后，玛丽女王率领的军队进入爱丁堡，但由于詹姆斯勋爵势力强大，玛丽女王没有将其拿下，匆匆从爱丁堡撤军。在亨特利勋爵的儿子被释放以及博思韦尔伯爵四世詹姆斯·赫博恩从法国流亡归来后，玛丽女王的军队得以壮大。同年9月，玛丽女王集结了更多的军队返回爱丁堡。詹姆斯勋爵不敌，逃亡英国向伊丽莎白寻求庇护。

事件发生后，玛丽女王扩充了她的枢密院，引入了天主教徒罗斯主教约翰·莱斯利、西蒙·普雷斯顿和新教徒亚历山大·戈登、约翰·麦克斯韦尔和詹姆斯·鲍尔弗爵士。玛丽女王与达恩利勋爵成婚后不久便怀孕，她对达恩利勋爵的屡屡拒绝激怒了达恩利勋爵。与此同时，达恩利勋爵对于权力的极度渴望也展现了出来，他不满足于徒有“国王”的虚名，还觊觎着玛丽女王手中的实权。他嫉妒玛丽女王与近臣大卫·李奇奥的情谊，与流亡在英国的詹姆斯勋爵、贵族鲁斯温、莫顿共同制定了杀害大卫·李奇奥的计划。

1566年3月9日晚7时，莫顿挟持了玛丽女王的手下、在其带领下进入到了荷里路德宫。8时，达恩利勋爵顺着密道进入到了玛丽女王的房间内。过了不久，莫顿与鲁斯温冲进了玛丽女王所在的房间，将大卫·李奇奥已乱刀砍死，并将玛丽女王软禁起来。在众人的推举下，亨利·斯图亚特成为新一任的政府首脑，夺取了玛丽女王的权柄。

事件发生后的两日后，达恩利勋爵探望玛丽女王。玛丽女王为劝其助自己脱困，指出自己与达恩利勋爵拥有共同的利益，只有他们二人可以走在一起。达恩利勋爵也意识到了自己只是被鲁斯温利用的棋子。于是，达恩利勋爵同意帮助玛丽女王逃脱。玛丽女王集结了大量兵马平息了叛乱，夺回大权。叛乱平定后的7个月，1566年6月19日，玛丽女王的儿子英格兰詹姆士一世、苏格兰詹姆士六世詹姆斯·斯图亚特出生。

皇室叛乱后，达恩利勋爵仍意图与玛丽女王分庭抗礼。与此同时，玛丽女王对博思韦尔伯爵也生出了情愫。1966年10月，博思韦尔伯爵在战场上受伤，玛丽女王得知后，立刻前往艾尔米塔奇城堡照顾博思韦尔伯爵。

不久，达恩利勋爵在格拉斯哥病倒。得知此消息，玛丽女王回到爱丁堡，在为他精心挑选的柯克·欧菲尔德宅院里照顾他。在外人看上去，二人剑拔弩张的关系似乎在慢慢缓解。1567年2月9日至2月10日的晚，玛丽女王在探望了亨利·斯图亚特后，参加了侍从巴斯蒂安·佩格斯的婚礼庆典。凌晨时分，柯克·欧菲尔德宅院发生爆炸，达恩利勋爵被发现时已经身亡。

1567年4月21日至23日，玛丽女王最后一次去探望自己在斯特灵的儿子詹姆斯·斯图亚特。4月24日，在从斯特灵返回爱丁堡的途中，玛丽女王被博思韦尔勋爵和他的手下强行带到了博思韦尔勋爵的城堡邓巴城堡。5月6日，玛丽女王和博思韦尔回到爱丁堡。5月15日，他们在荷里路德教堂按照新教仪式举行了婚礼。

天主教徒不承认博思韦尔勋爵的离婚，他们认为玛丽女王与博思韦尔勋爵的婚姻不合法。与此同时，新教徒和天主教徒都对玛丽女王嫁与杀害自己丈夫的嫌犯表示震惊和抵触。为此，26名苏格兰贵族组建了他们自己的军队。6月15日，玛丽女王以及博思韦尔勋爵在卡伯里山与反叛他们的军队对峙，但由于玛丽女王的军队在行军途中人数骤减，玛丽女王没有轻易挑起武装冲突。为了减少内战造成的伤亡，玛丽女王与贵族们推举出的格兰奇领主进行了谈判。谈判结果是玛丽女王以俘虏的身份投降，有杀害亨利·斯图亚特嫌疑的博思韦尔被驱逐出境。

玛丽女王被贵族们带回爱丁堡的时候，围观的苏格兰民众都谴责她是淫妇和杀人凶手。第二天晚上，玛丽女王被带到列文湖城堡-詹姆斯勋爵母亲的城堡。曾任玛丽女王外交代表的麦尔维尔拿着准备好的“自愿”让位文件以及在首饰盒中发现的书信、诗稿逼迫玛丽女王，他表示如果玛丽女王不在文件上签字，那这些书信和诗稿将会被当庭宣读。为了不当众被羞辱，玛丽女王签下了让位文件，同意将儿子詹姆斯·斯图亚特立为王，也同意莫里伯爵为苏格兰的摄政大臣。詹姆士六世一当政，便命人将这些书信和诗稿烧毁。

1567年7月25日，玛丽女王签署了逊位文书将王位让位给她一岁的儿子詹姆斯王子，并签署了关于詹姆斯勋爵-莫里伯爵的任命书，玛丽女王同意莫里伯爵为苏格兰的摄政大臣，并在王子成年前代其处理政务。

道格拉斯勋爵家族的两兄弟乔治·道格拉斯和威廉·道格拉斯无意中发现了美貌的玛丽女王并被其吸引。二人于1568年5月2日，帮助玛丽女王顺利出逃。在与支持自己的部队和贵族们汇合后，玛丽女王回到了汉密尔顿宫，并宣布逊位诏书无效，号召苏格兰人民拿起武器，听凭女王指挥。

短短一周时间，玛丽女王召集了一支6000余人的军队。玛丽女王率6000余人意图转移至敦巴顿城堡，建立防线。然而玛丽女王的军队还未到达敦巴顿城堡就遇到了莫里伯爵率军阻拦。玛丽女王的军队不敌，玛丽女王逃往南方。离英格兰边境不远处的邓遵南修道院逗留了数日后，玛丽王后决定前往英格兰求助。

5月16日，玛丽女王乘渔船走索尔威湾水路进入英格兰地界。并在英格兰北部的沃金顿登陆，抵达卡莱尔城堡。玛丽女王将求助信交由卡莱尔城堡的负责人劳瑟阁下，请求其将此求助信转交给伊丽莎白女王。伊丽莎白女王派斯克罗普勋爵和诺里斯勋爵前去“迎驾”，下令切断玛丽女王与外界的联系、没收玛丽女王的一切信件，并派刀斧手围包卡莱尔城堡。伊丽莎白派人游说玛丽女王接受英格兰法庭的审判 。在进行了反反复复的审判后，达恩利勋爵死亡案越来越复杂且没有结果。玛丽女王意识到自己正在被软禁后，不再配合审判，审判最终不了了之。

伊丽莎白女王与莫里伯爵商议玛丽女王返苏软禁之事，双方也达成了共识。然而，就在玛丽女王即将回苏格兰之时，莫里伯爵被刺杀。1569年1月26日，玛丽被转移到塔特伯里城堡，由什鲁斯伯里伯爵监护。虽然玛丽女王被软禁，但伊丽莎白还对其忌惮有加。伊丽莎白将其行动限制在限制在图特伯里、谢菲尔德城堡、谢菲尔德庄园、温菲尔德庄园和查茨沃斯庄园，等远离大海的英格兰内陆地区。1569年10月至1570年8月期间，伊丽莎白将玛丽女王软禁在伦敦塔。

伊丽莎白·亚历山德拉·玛丽·温莎为玛丽女王提供了奢华的软禁生活。玛丽女王被允许拥有自己的女官、侍女、女仆，人数不少于16人。她的地上铺着极为昂贵的土耳其地毯，她的床品每天都会更换。她自己的厨师会提供32道可供选择的菜肴。她所使用的器具极多，每次更换软禁地点时都需要用几十辆马车才能将所有器具装下。玛丽女王偶尔会被允许离开软禁的城堡外出游览，但她的行动都在严密的监控下。

在软禁英格兰的十八年里，玛丽女王的健康状况每况愈下。到了16世纪八十年代，她的风湿病发作愈频，病发时她只能跛行或者坐在安乐椅上。

在玛丽女王承认了儿子加冕为王的合法性后，玛丽女王与詹姆士六世开始了秘密谈判。詹姆士六世为了尽早取得英国的王位，提出与伊丽莎白结婚的建议。玛丽女王同意了詹姆士六世在伊丽莎白知情的情况下与其缔结婚约的建议，并同意他继续信奉新教的宗教信仰。她对儿子提出的唯一要求就是立刻帮助自己解除监禁。詹姆士六世起初同意母亲的请求，但是在伊丽莎白的贿赂下，詹姆士六世放下了与母亲的约定，与伊丽莎白签署了联盟条约，并签署了敕书，永远剥夺玛丽女王的苏格兰女王尊号及权利。

1584年，英格兰议会通过了《女王安全法案》，法律规定只要参与谋刺女王哪怕是在原则意义上赞同谋刺女王，都会被判死刑。此项法案的提出让伊丽莎白一世首席秘书弗朗西斯·沃尔辛厄姆萌生了一个彻底除掉玛丽女王的阴谋。

英格兰人巴宾顿听闻了玛丽女王的传说，艳羡其美貌，准备发动“劫狱”营救玛丽女王。在弗朗西斯·沃尔辛厄姆手下内奸的唆使下，巴宾顿决定在拯救玛丽女王的同时刺杀伊丽莎白女王。他集结了一批天主教徒，准备发动叛乱。巴宾顿命机密信使将写着关于叛乱详细事宜的密信传递给女王，玛丽女王亲手写下了有着同意其刺杀伊丽莎白女意思的书信后。事情很快便被伊丽莎白女王察觉。最后，主事者巴宾顿以及参与叛乱的其他主事者全都处以绞刑。

在伊丽莎白·亚历山德拉·玛丽·温莎的授意下，玛丽女王于9月25日被转移至佛泽林城堡。英格兰政府在佛泽林城堡对玛丽女王进行了最终的审判。玛丽女王出席了审判大会，并否认了关于自己的指控。10月28日，审判委员会指出玛丽女王妄图谋夺英格兰王位，多次赞同并参与刺杀伊丽莎白女的的计划，建议以叛国罪名将其送上断头台。玛丽女王表示抗议，她指出英格兰政府不仅剥夺了自己审查证据的机会，也剥夺了自己与法律顾问接触的机会。与此同时，玛丽女王还表示自己是苏格兰女王，她并不是英国臣民，因此她不能被判叛国罪。

玛丽女王的儿子和法国国主在得知玛丽女王将要被伊丽莎白定罪处死时，纷纷加以阻止。伊丽莎白不愿承担处死一国国主的责任，更不希望惹怒伊丽莎白的儿子，使得英格兰和天主教以此事为借口入侵英国。于是，伊丽莎白迟迟未下定决心。后在民众和英国贵族的催促下，伊丽莎白不得已签下了死刑执行令。

1587年2月7日晚，在玛丽女王得知自己将在第二日被处决时，她先是将手中的金银细软分给了身边的侍从们，接着写下了遗嘱将自己的财产分给了她的家人。最后，她给法国国王写信，希望自己身边的侍从们可以被收留。此外，在写给伊丽莎白的信中她对伊丽莎白提出来3点要求。第一点，她希望伊丽莎白·亚历山德拉·玛丽·温莎能将她的遗体交给自己的随从，让随从们将她和母亲葬在一起，葬在法国的兰斯。第二点，她希望自己被公开处决，她要向所有支持她的人以及全世界的人宣布，她是苏格兰的女王。最后一点，她还希望伊丽莎白女王可以放过她身边的侍从和所有追随她的人，不可干涉他们的自由。

2月8日，在侍从的恸哭中，完成了祈祷的玛丽女王身着全套礼服来到了断头台。她的仆人简·肯尼迪用白纱蒙住了她的眼睛。在行刑的刽子手布尔和他的助手开始为行刑做准备时，玛丽女王紧握手中象牙十字架，并用拉丁语和英语进行祈祷。

行刑时，布尔一共砍了三次。第一次砍中了玛丽女王的后脑勺，并没有砍到玛丽女王的脖子，她的脖子布尔一共砍了两次才彻底砍断。

行刑后，玛丽女王的侍从们希望遵从女王的遗愿，将女王的遗体带出英格兰，被拒绝。伊丽莎白称自己没有签署死刑执行令，并向执行死刑的官员戴维森问责，将其囚禁起来。19个月后，沃尔辛厄姆为其求情后，戴维森被释放。詹姆斯六世听闻母亲死讯后，集结军队准备攻打英格兰，后在多方压力下，起兵计划暂时搁置。1612年，詹姆斯六世将玛丽女王的遗体迁出，并将其葬在威斯敏斯特教堂。

玛丽女王死后，她的很多遗物被珍藏了起来。她的祈祷书常年在法国进行展出，她为自己辩护的书稿以及她写下的十四行诗皆被后人整理并且将其出版。除此之外，玛丽女王被处决后，覆盖在玛丽女王尸体上的面纱也被人收起。该面纱长约89英寸，宽约43英寸。该面纱先是被天主教徒亨利·斯图亚特收藏，后被赠予自称是斯图亚特王朝后裔的约翰·希匹斯雷爵士收藏。据传，玛丽女王亲自在面纱上缝制了饰物，并用金线在上面绣着“这个面纱，是被驱逐了的斯图亚特王朝的传家之宝”。

在16世纪，对玛丽女王的评价共分为两派。以乔治·布坎南和约翰·诺克斯为代表的新教改革者们对玛丽女王进行了猛烈的抨击和诋毁。而以亚当·布莱克伍德为代表的天主教徒们则对玛丽女王进行了赞扬。

历史学家Jenny Wormald指出，玛丽女王的一生是悲剧性的、失败的，她无法对自己的欲望做出正确的决策和行为。与此同时她认为玛丽女王只是贵族之间、国家之间权力倾轧的一枚棋子。

玛丽女王自小在法国长大，对她来说，法国是她心头上的故乡。在她返回 苏格兰主政期间，她按照法国的建筑风格在霍利罗德的宫中搭建了一个“小型法国”，其中的摆件、陈设无一不透漏着法国特有的儒雅浪漫气息。玛丽女王将法国的娱乐生活也搬到了这里，宫人们在这里吹弹歌舞、吟诗作画、表演戏剧及小品。玛丽女王还在这里举行化装舞会，与宫人同乐。在一次化装舞会上，玛丽女王化装成男子，而她的舞伴-法国男诗人夏斯特拉尔则化装成女王的样子。

夏斯特拉尔是法国诗人、学者，他被玛丽女王独特的魅力以及绝世的容貌所吸引，跟随着玛丽女王离开法国来到了苏格兰。玛丽女王很喜欢他的诗，时常对他的诗作表达赞美之情。面对夏斯特拉尔的一些露骨的表达，玛丽女王也是听之任之，甚至与其共舞。这使得夏斯特拉尔误以为女王也对自己有意，便屡屡做出了越距的事情。

有一次，夏斯特拉尔躲在玛丽女王寝室帷幕的后面进行偷窥，偷窥未果，被侍从发现，将他轰出。玛丽女王不予追究的态度让他更加胆大妄为，在玛丽女王前往伐夫的途中，夏斯特拉尔偷藏在玛丽女王的卧室内。正在脱衣的玛丽女王发现夏斯特拉尔后立刻求救，夏斯特拉尔被詹姆斯勋爵拿下、最后，夏斯特拉尔被处以极刑。威廉·梅特兰在夏斯特拉尔死后指出，夏斯特拉尔对女王的热爱是虚假的，他想要通过诋毁女王的名声来反对女王。

玛丽女王死刑执行后，人们发现被砍掉了脑袋的女王身体还在动，这时围观的人们才发现玛丽女王宠爱的小狗偷偷的跟着玛丽女王，并藏在了她的裙摆里。小狗的身上被玛丽女王的血淋湿，它不停地冲着刽子手乱叫乱咬。

关于达恩利勋爵的死因，官方说法是窒息而死，因为他的尸体上并没有任何暴力伤口。然而，对于是谁放置的炸药，当时人们众说纷纭。反对玛丽女王的人认为达恩利勋爵的死是由玛丽女王以及博思韦尔伯爵共同参与谋划的，他们认为是博思韦尔伯爵命法国人帕里斯等人将炸药运送到柯克·欧菲尔德宅院，并将其引爆的。他们还认为巴斯蒂安·佩格斯的婚礼也是为了给女王开脱而有意为之的。然而支持玛丽女王的人却认为玛丽女王对此事并不知情。迫于民众压力，玛丽女王同意了达恩利父亲伦诺克斯要求将博思韦尔交由议会审理的要求，并将博思韦尔伯爵抓捕入狱。然而，4月12日，在伦诺克斯找不到直接证据并且缺席庭审的情况下，博思韦尔伯爵被无罪释放。伊丽莎白写信给玛丽女王，她表示全世界人都知道玛丽女王并没有抓住凶手，而是任由凶手逍遥法外。

博思韦尔勋爵出逃苏格兰后，人们发现了玛丽女王送给他的一个上了锁的银质首饰盒。盒子里面不仅存放着博思韦尔勋爵的机密文件，还保存着玛丽女王写给博思韦尔的书信和十四行诗和两份婚约。在约克法庭和汉普顿法庭上，莫顿将这些书信和诗稿当庭展示，他认为这些诗稿和书信足以证明女王在达恩利勋爵死亡一事上并不清白，甚至有共谋之罪。玛丽曾亲口否认这些书信和诗稿的真实性，并坚称它们是伪造的。

关于首饰盒信件的真伪历史学家们持有不同的态度。《玛丽传》的作者安东尼娅·弗雷泽以及《伊丽莎白女王》的作者艾莉森·威尔都认为这些书稿或是他人伪造的，或是在真实的信件中人为地插入了可以证明玛丽女王有罪的话语。著名作家约翰·盖伊也指出这些书稿都是赝品。然而也有学者认为这些信是真的。玛丽女王时期的诺福克公爵就对这些书稿的真实性深信不疑。历史学家詹·沃麦尔德指出苏格兰人不愿出示这些书稿并将这些书信的原件全部烧毁的行为证明了书信中确实有对玛丽女王构成威胁的真实证据。在对这些书稿进行了仔细的研究，并将这些书稿上的笔迹与玛丽的笔迹进行了比较后，大多数委员都认为这些书稿确实是真的。

《苏格兰女王玛丽》 Mary of Scotland (1936)是一部由约翰·福特莱、斯利·古文尔执导，美国著名女星凯瑟琳·赫本出演的一部历史传记类影片。该片讲述了玛丽女王悲惨却又戏剧性的一生。该片于1936年7月28日在纽约上映，同年8月28日，该片在美国上映。

《苏格兰女王玛丽的行刑》 The Execution of Mary, Queen of Scots (1895)是由托马斯·阿尔瓦·爱迪生制作的一部时长不到1分钟的电影短片。这个短片还原了苏格兰女王玛丽被处决的情景。这是世界电影史上地第一部采用“停机再拍”技术制作的影视视频。

《英宫恨》 Mary, Queen of Scots (2013)是由托马斯·因巴赫执导，斯蒂芬·茨威格与安德蕾娅·什塔卡执编，由卡米莉·拉瑟福德、肖恩·比格斯代夫等参演的剧情传记类影片，该影片讲述了玛丽女王的三段婚姻，概述了玛丽女王悲惨的一生。

《玛丽女王》Mary Queen of Scots (2018)是一部由英国著名导演乔西·洛克执导，鲍尔·威利蒙担任编剧，爱尔兰女演员西尔莎·罗南、玛格特·罗比、英国男演员杰克·劳登等参演的历史传记类影片。该影片以玛丽女王与伊莉莎白之间的斗争为主线，描述了玛丽女王起伏的一生。该片获得了第22届好莱坞电影奖年度化妆奖、第91届奥斯卡金像奖奥斯卡最佳服装设计奖(提名)、第25届美国演员工会奖最佳女配角(提名）等多个奖项。

多尼采蒂·盖尔塔诺创作了歌剧《玛丽·斯图亚特》，并于1833年首演。该作品以玛丽女王为题材背景，讲述了玛丽女王坎坷的一生，该剧以玛丽女王被斩首处刑为落幕。