2001年，她进入了国家队。她在2005年参加了
中华人民共和国第十届运动会后，因伤病问题选择了退役。2008年，陈瑾瑜来到了杭州市体育事业发展中心工作担任教练。2022年她率队获得了中国青少年足球联赛U13女子组的第三名。次年，她入选了杭州亚运会火炬手。
陈瑾瑜于2001年到2003年间，以
前卫和中后卫的身份入选了国家队，在国家队期间，经历了
马元安和
马良行两任主教练。由于伤病的影响，陈瑾瑜经历了三次膝盖手术。2005年，她在参加了
中华人民共和国第十届运动会后，选择了退役。
2008年，陈瑾瑜来到了
杭州市，她的前队友
赵燕为陈瑾瑜介绍了杭州市体育事业发展中心的教练岗位。次年，她成为了1997、1998年龄段杭州女队的主教练。2010年起，陈瑾瑜带领的队伍几乎包揽了
浙江省青少年足球锦标赛女足比赛的冠军。
2018年1月19日，陈瑾瑜参加了在杭州市
富阳区春江小学足球场上举行的2017
国际足球联合会—
中国足球协会“live your goals”女子足球节活动。2022年，她率队获得了中国青少年足球联赛U13女子组的第三名。同年9月17日，在
浙江省第十七届运动会足球项目（女子丙组）复赛中，由陈瑾瑜教练团队带领，以景成实验为班底的杭州队以6-1击败宁波队，获得第十七届省运会女子足球丙组冠军，这也是学校市队联办足球项目拿到的首个省运会冠军。
陈瑾瑜的运动生涯期间曾获得了过包括
中华人民共和国全国运动会、全国联赛和
斯诺克联盟杯在内的30多个冠军，阿尔加夫杯的亚军。2010年起，她在执教期间，带队几乎包揽了
浙江省青少年足球锦标赛女足比赛的冠军。此外，还蝉联了2014年、2018年和2022年三届浙江省运会女足项目的冠军。