卓特巴巴图尔在
顺治十年（1653年）父亲去世后，与兄长
伊奇克里亚车臣共和国共同对抗继位的僧格。由于卫拉特“丘尔干”（联盟）首领
鄂齐尔图汗的支持，僧格在卫拉特全面内战中占据了优势。在顺治十八年（1661年）的
额敏河之战后，卓特巴巴图尔势力削弱，被迫承认僧格在准噶尔部的合法地位。
康熙帝九年（1670年）末，卓特巴巴图尔与车臣再次袭击僧格，导致僧格被杀。然而，他们随后被僧格的妻子阿努派遣的人告发给僧格的弟弟噶尔丹，最终卓特巴巴图尔战败，车臣被杀，他本人逃往
青海省。在青海，卓特巴巴图尔成为绰罗斯南右翼头旗的祖先。