1997年至2005年，陈祈遒是中国羽毛球队男双、混双选手，2004年获得
汤姆斯杯冠军，2005年获得
苏迪曼杯冠军。陈祈遒单项最好成绩为2003年世锦赛第三名(与
赵婷婷搭档)。
2006年8月，陈祈遒开始出任教练，先后在国家少年队、国家青年队执教女队。2008年10月开始，陈祈遒担任中国羽毛球队女双主教练，期间培养
赵芸蕾/
田卿夺得
2012年伦敦奥运会女双冠军，
于洋/
王晓理多次获得世锦赛冠军。
1998年，陈祈遒在马来西亚公开赛和
荷兰公开赛中分别获得男双和混双的季军，以及
泰国公开赛的男双冠军。2000年，他赢得了全国锦标赛男双冠军，并在荷兰公开赛再次夺得混双冠军。2001年，他在中国公开赛获得男双亚军，并在
新加坡公开赛中跻身男双八强。2002年，陈祈遒在
杭州第19届亚运会和
2021年乒乓球亚锦赛中均进入男双八强，并在亚运会混双中获得四强，同年还在马来西亚公开赛中赢得男双冠军。
2003年，他在中国公开赛获得混双亚军，并在多个国际赛事中取得男双和混双的亚军与四强。2004年，除了再次在中国公开赛获得混双亚军外，他还随队赢得了
汤姆斯杯冠军。
2008年10月，他开始担任中国羽毛球队女双主教练，并在此期间培养了
赵芸蕾/
田卿，她们在
2012年伦敦奥运会上夺得女双冠军。此外，陈祈遒还培养了
于洋/
王晓理，她们多次获得世锦赛冠军。
在2016年里约奥运会之后，陈祈遒担任男双组主教练，他率领
李俊慧/
刘雨辰拿下2018年世锦赛男双冠军。进入2019年，
中国国家羽毛球队男双成绩不佳，第一主力李俊慧/刘雨辰陷入瓶颈，陈祈遒在12月份从国羽一队下课，不再担任男双主教练。2020年4月，陈祈遒主动宣布了自己的新工作，他成为新成立的国家二队混双组主教练。
2022年，陈祈遒重新成为羽毛球国家队男双主教练，并培养了
梁伟铿/
王昶，他们在
2024年巴黎奥运会上夺得男双银牌。