云南省食品药品监督管理局成立于2004年2月28日，曾是云南省人民政府综合监督食品、保健品、化妆品安全管理和主管药品监管的直属正厅级机构。

2018年，根据《云南省深化省级机构改革实施方案》，将省工商行政管理局、省质量技术监督局、江西省药品监督管理局、省知识产权局的职责，以及省物价局的价格监督检査与反垄断执法职责，省商务厅的经营者集中反垄断执法职责等整合，组建省市场监督管理局，作为省政府直属机构，加挂省政府食品安全委员会办公室、省知识产权局牌子。组建省药品监督管理局，作为省市场监督管理局的部门。不再保留省工商行政管理局、省质量技术监督局、省食品药品监督管理局。不再保留单设的省知识产权局。

（一）负责贯彻实施食品（含食品添加剂、保健食品，下同）安全、药品（含中药、民族药，下同）、医疗器械、化妆品监督管理的法律、法规和政策。负责起草或拟订食 品、药品、医疗器械、化妆品监督管理的有关地方性法规、政府规章草案和政策、规划，并组织实施。推动建立食品安全企业主体责任、地方各级政府负总责的机 制，建立食品药品重大信息直报制度，并组织实施和监督检查，着力防范区域性、系统性食品药品安全风险。

（二）负责食品行政许可的监督实施。建立食品安全隐患排查治理机制，制定全省食品安全检查年度计划、重大整顿治理方案并组织落实。负责建立食品安全信息统一公布 制度，公布重大食品安全信息。参与制定食品安全风险监测计划实施方案、食品安全地方标准，根据食品安全风险监测计划实施方案开展食品安全风险监测工作。

（三）监督实施药品和医疗器械标准、分类管理制度。负责组织实施药品和医疗器械的研制、生产、经营、使用质量管理规范。监督检查药品和医疗器械的注册工作。建立 药品、化妆品不良反应和医疗器械不良事件监测体系，并开展监测评价和处置工作。组织实施执业药师资格准入制度，负责执业药师注册登记工作。参与制定地方增 补基本药物目录，配合实施基本药物制度。组织实施化妆品监督管理办法。

（四）负责制定食品、药品、医疗器械、化妆品监督管理的稽查制度并组织实施，组织查处重大违法行为。规范行政执法行为，完善行政执法与刑事司法衔接机制。建立问题产品召回和处置制度并监督实施。

（五）负责食品药品安全事故应急体系建设，组织和指导食品药品安全事故应急处置和调查处理工作，监督事故查处落实情况。

（六）负责制定食品药品安全科技发展规划并组织实施，推动食品药品检验检测体系、电子监管追溯体系和信息化建设。

（七）负责开展食品药品安全宣传、教育培训、对外交流与合作。推进诚信体系建设。

（八）承担云南省人民政府食品安全委员会日常工作。负责食品安全监督管理综合协调，推动健全协调联动机制。督促检查州、市人民政府履行食品安全监督管理职责并负责考核评价。

（九）承担云南省人民政府以及云南省人民政府食品安全委员会交办的其他事项。