《隐秘而伟大》漫画，24岁的“元流焕”在韩国化名为“方东九”，并伪装成一个智障青年生活在一个名为“月亮村”的村庄里，但他实际上却是一个精通英、汉、俄、日等4国语言，并有着格斗八段水准，射击R级，狙击成功率达到98.7%，精通医学、工程学、化学的杀人武器。

第一部

“元流焕”参与的行动代号为：“赤壁花-南侵任务”，是潜伏在韩国的朝鲜特工部队“5446部队”五星组的第三组组长。

他作为一名间谍潜入到韩国最底层的村庄中，成为其一员，并暗中收集韩国民众的生活状态和对政治、军事方面的观念，向朝鲜进行汇报。

第二部、第三部

两年后，党又派来两名组长，潜伏于韩国乡间的三个年轻朝鲜间谍，将经历怎样的惊险、有趣而感人的故事？