北京市自然科学基金委员会办公室是中共北京市机构编制委员会批准成立的北京市科委、中关村管委会直属事业单位。主要职责为：承担北京市基础研究和应用研究的政策拟订和组织协调，负责北京市自然科学基金实施工作，承担研究成果统计分析和推广等工作。

北京市自然科学基金委员会办公室承担基金委的日常工作，负责自然科学基金资助工作的具体实施和管理，下设研究发展部、学科管理部、项目与成果管理部和综合管理部。其职能包括：组织基础性研究，提高创新能力，培养优秀人才。按照《北京市自然科学基金委员会章程》管理基金，制定相应管理办法，资助基础性研究项目、科技出版物、对华科技交流、学术会议和实验室建设。编制、发布《发展规划》、《项目指南》、《申请书》及相应软件，组织科技培训、咨询、服务、成果转让等。