国家出入境检验检疫局于1998年在国务院机构改革中组建。由原来的中国商品检验局（简称商检），中华人民共和国卫生检疫局（简称卫检），中国动植物检疫局（简称动植检）三个机构组建而成。

（1）研究拟定有关出入境卫生检疫、动植物检疫及进出口商品检验法律、法规和政策规定的实施细则、办法及工作规程，督促检查出入境检验检疫机构贯彻执行。

（2）组织实施出入境检验检疫、鉴定和监督管理；负责国家实行进口许可制度的民用商品入境验证管理；组织进出口商品检验检疫的前期监督和后续管理。

（3）组织实施出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督；组织实施出入境动植物检疫和监督管理；负责进出口食品卫生、质量的检验、监督和管理工作。

（4）组织实施进出口商品法定检验；组织管理进出口商品鉴定和外商投资财产鉴定；审查批准法定检验商品的免验和组织办理复验。

（5）组织对进出口食品及其生产单位的卫生7711第二十五章　出入境检验检疫基础知识注册登记及对外注册管理；管理出入境检验检疫标志、进口安全质量许可、出口质量许可并负责监督检查；管理和组织实施与进出口有关的质量认证认可工作。

（6）负责涉外检验检疫和鉴定机构（含中外合资、合作的检验、鉴定机构）的审核认可并依法进行监督。

（7）负责商品普惠制原产地证和一般原产地证的签证管理。

（8）负责管理出入境检验检疫业务的统计工作和国外疫情的收集、分析、整理，提供信息指导和咨询服务。

（9）拟定出入境检验检疫科技发展规划；组织有关科研和技术引进工作；收集和提供检验检疫技术情报。

（10）垂直管理出入境检验检疫机构。

（11）开展有关的国际合作与技术交流，按规定承担技术性贸易壁垒和检疫协议的实施工作，执行有关协议。