小多孢菌科(Micropolysporaceae)的1科，本科目目前有5属。分别为小多孢菌属、小双孢菌属、小四孢菌属、马都拉放线菌属和卓孢菌属。

放线菌目的1科。在气生菌丝和（或）基内菌丝上形成不足20个孢子的短链。现有5个属。

小双孢菌属气生菌丝上产生成纵对的孢子，有或无柄，先形成蕾芽，后膨大，由横隔分开，逐渐形成两个球形或椭圆形的孢子。细胞壁组分Ⅲ型，代表种为玫瑰小双孢菌。

小四孢菌属多数只在气生菌丝上形成 4个孢子的短链，也有少于或多于4个孢子者，最多达6个；孢子丝先一分为二，顶端部分分裂为两个孢子，基部再分为4个孢子；细胞壁一般Ⅲ型，但青色小四孢菌和褐色小四孢菌的胞壁还含赖氨酸、甘氨酸、内消旋二氨基庚二酸和迹量的左旋二氨基庚二酸。代表种为青色小四孢菌。

马都拉放线菌属气生菌丝上形成5～15个孢子的短链，有时含孢子较少或较多；孢子丝直、弯曲、环状至螺旋形，有时为粘物质所包，形成假孢囊；孢子球形、椭圆形，表面光滑或带疣，有的种有孢间垫；胞壁组分Ⅲ型，全细胞水解物含马都拉糖，有的种还含半乳糖,脱氧核糖核酸中的G+C摩尔含量为77.4％;能产生多种抗生素。代表种为马都拉放线菌。

卓孢菌属在气生菌丝和基内菌丝上形成6～10个（有时达20个）孢子的短链，直、弯曲或螺旋形；孢子表面光滑或有小刺，含有为液泡所包围的中央体；细胞壁组分Ⅲ型，全细胞水解物含马都拉糖；分枝脂肪酸含量较高。代表种为绿藤黄卓孢菌。