在进入海峡两岸关系协会之前,马晓光已经是中国人民大学的讲师,取得了中级职称。但是到了新的工作单位后,他却需要从主任科员干起。从主任科员到44岁的正厅级干部。历任
海峡两岸关系协会研究部主任、“国台办”综合局副局长(正厅级级别)、中共中央台湾办公室、国务院台湾事务办公室综合局局长、海峡两岸关系协会副秘书长、海峡两岸关系协会秘书长。
2005年1月3日,台湾海峡交流基金会董事长
辜振甫因晚期癌症不治在
台北市病逝,其
追悼会定于同年2月2日在台北举行。由于身体原因,
海峡两岸关系协会会长汪道涵无法亲自前往辜振甫灵前祭奠。为此,汪道涵决定派三人作为其个人代表赴台吊唁辜振甫,时任海峡两岸关系协会研究部主任的马晓光就是三人小组成员之一,海峡两岸关系协会副会长孙亚夫、秘书长李亚飞、研究部主任马晓光等三人,作为他的个人代表赴台吊唁辜振甫。