福建省出入境检验检疫局（以下简称福建局）曾为国家质检总局设在福建的直属机构，1999年8月由原福建商检、福州市动植检和福州、泉州卫检等“三检合一”组建。2018年，根据机构改革部署，原福建检验检疫局管理职责和队伍划入福州海关。

(一)贯彻执行出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验法律、法规和政策规定的实施细则、办法及工作规程，负责所辖区域的出入境检验检疫、鉴定、认证和监督管理等行政执法工作。

(二)负责实施出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督，负责口岸传染病的预防与控制工作，负责出入境人员的预防接种和传染病监测体检的管理工作。

(三)负责实施出入境动植物及其产品和其他检疫物的检验检疫与监督管理，负责动植物疫情监测、调查等工作，办理国家质量监督检验检疫总局授权的动植物检疫审批，实施动植物疫情的紧急预防措施。

(四)负责实施进出口商品(含食品)的法定检验和监督管理，负责实施一般包装和出口危险品货物包装检验，负责进出口商品鉴定管理工作，负责实施外商投资财产鉴定，办理进出口商品复验工作。

(五)负责实施对进出口食品、动植物及其产品等的生产(养殖、种植)、加工和存放等单位的卫生、检疫注册，负责实施进口安全质量许可和出口质量许可工作，负责实施进出口产品、体系认证和实验室认可、人员注册等工作，并监督管理。

(六)负责实施国家实行进口许可制度的民用商品的入境验证，负责出口、转口商品的有关出境验证。

(七)负责实施出入境交通运载工具和伪装箱及容器的卫生监督、检疫监督和有关的适载检验、鉴定，负责出入境交通运载工具、集装箱、包装物及铺垫材料和货物的卫生除害处理的管理工作。

(八)负责执行国家、国务院有关部门和国家质量监督检验检疫总局签署的有关检疫、检验的国际协议、协定和议定书等，负责技术性贸易壁垒协定和检疫协议的实施工作。

(九)负责签发出入境检验检疫证单和标识、封识，并进行监督管理。负责出口商品普惠制原产地证和一般原产地证的签证工作。

(十)负责所辖区域的出入境检验检疫业务的统计，调查和收集国外传染病疫情、动植物疫情和国际贸易商品质量状况，提供有关信息。

(十一)负责对所辖区域内各类涉外检验检疫、鉴定和认证机构(包括中外合资、合作机构)以及卫生除害处理机构的监督管理。

(十二)负责出入境检验检疫科技、标准化和信息化工作，负责有关的国际合作与交流工作。

(十三)负责人事管理、教育培训、外事、财务、基建、物资管理、纪检监察、审计、精神文明建设和思想政治工作。

(十四)承办国家质量监督检验检疫总局交办的其他工作

食品安全监管处

卫生检疫监管处

动植物检疫监管处

办公室

通关业务处（对台工作办公室）

检验监管处

认证监管处

风险管理处

科技处

人事处

离退休干部处

计划财务处

机关党委办公室（政工处）

监察审计室

福建出入境检验检疫局信息中心

福建出入境检验检疫局机关服务中心

福建出入境检验检疫局检验检疫技术中心

福建省检验检疫协会

福建出入境检验检疫局福州保税港区办事处

宁德出入境检验检疫局

福州出入境检验检疫局

平潭出入境检验检疫局

福建出入境检验检疫局邮件办事处

福建出入境检验检疫局武夷山市办事处

福州长乐国际机场出入境检验检疫局

东山出入境检验检疫局

龙岩出入境检验检疫局

南平出入境检验检疫局

三明出入境检验检疫局

福清出入境检验检疫局

莆田出入境检验检疫局

泉州出入境检验检疫局

福建局拥有1个技术中心及9个下属实验室构成的两小时车程检测网络和1个保健中心及10个分中心、1个监测点构成的传染病防制网络，建立了国家鞋检中心等8个国家级重点实验室和国家质检总局轻纺产品检测中心等13个区域中心实验室。实验室检测仪器设备总值14681万元，其中20万元以上设备166台(套)；实验室2004年参加英国中央科学实验室食品化学项目能力验证，荣获全球五佳实验室之一。截至2008年6月底，技术中心实验室获得CNAS认可和CMA计量认证的检测项目达289类产品1098个标准；保健中心一次性通过ISO9001认证和ISO\IEC17025认可联合评审；媒介鉴定项目达9大类130种，媒介病原体检测项目达8类11项；保健中心现有生物安全、HIV确证等高水平实验室，是公安机关指定的依赖性药品监测中心和国家食品药品监督管理总局指定的药工体检5家定点单位之一。

“三检合一”以来，福建局累计参与承担科技部科研课题4项；主持承担国家质检总局科研课题57项，参与国家质检总局重点项目6项；承担国家标准项目38项，行业标准项目108项；承担福建省科研课题34项。共有30项科研成果获国家质检总局科技兴检奖，10项科研成果获福建省科学技术奖。2006年技术中心梁鸣同志荣获国家质检总局科技兴检奖一等奖，这是福建局第一次作为项目主持单位获此殊荣；2006年首次承担福建省重大专项课题的研究，获得300万元科研补助经费。2007年首次作为主持单位荣获中国标准创新贡献奖二等奖，成为全国质检系统2007年度获二等奖及以上的两家单位之一。

2000年至2008年上半年，福建局共检验检疫出入境货物382.33万批、1299.25亿美元，其中2008年上半年检验检疫出入境货物25.13万批、114.59亿美元，分别比2000年同期增长92.3%和175.3%。共检出不合格出入境货物1.41万批、27.84亿美元，截获进境动植物疫情13716种次，在出入境人员中发现病例及阳性体征者9.45万人次。

福建省局先后荣获全国精神文明建设工作先进单位、十年全国青年文明号活动优秀组织奖、1996-2000年全国法制宣传教育先进单位和省级文明单位、党建先进单位、防非先进单位、平安福建建设先进单位等荣誉称号。全局系统有10个全国级、14个省级青年文明号，3个全国级、4个省级巾帼文明岗和11个省级文明单位，2个分支局被评为全国创建文明行业先进单位；福州机场办2007年在全国质检系统中惟一获得全国五一劳动奖状；福建局保健中心2008年被中华妇女联合会授予全国三八红旗集体荣誉称号；福建局援川卫生防疫服务队及临时党支部分别荣获全国质检系统抗震救灾先进集体和先进基层党组织称号；在全省民主评议政风行风工作中，福建检验检疫系统的满意率连续多年位居前列。