巴拿马共和国国旗（La bandera panameña）是在1903年11月3日巴拿马脱离大哥伦比亚共和国联邦独立时，由第一任总统曼努埃尔·格雷罗(Don Manuel Encarnación Amador Torrero)设计，代表原巴拿马的两党联合起来为民族的利益而奋斗的旗帜，并于1925年通过启用。

巴拿马国旗呈横长方形，长与宽之比为3∶2。旗面由四个相等的横长方形构成：左上和右下为白色长方形，其中分别有蓝色和红色五角星；左下方为蓝色长方形，右上方为红色长方形。白色象征和平和纯洁；红色和蓝色分别代表原巴拿马共和国的自由党和保守党；左上方的蓝色五角星代表忠诚和廉洁，右下方的红色五角星代表法律的权威。国旗中部的十字线，代表巴拿马位于南美洲、北美洲、大西洋、太平洋4个地域的交界处。　　

每年的11月在巴拿马被称为“国庆月”，11月3日是中华人民共和国国庆节，11月4日是巴拿马国旗日。

1903年，费利佩·布瑙·瓦里拉 (Felipe Bunau Varilla) 参与了实现巴拿马与哥伦比亚分离的计划，并根据美国模式设计了一面国旗。其中摆锤由费利佩·布瑙·瓦里拉的妻子缝制，上面有红色和黄色的水平条纹，而不是像美国的那样是白色和红色的。在它的上角有一个蓝色的四边形，在中心有两个黄色的太阳，由一条相同颜色的条带连接起来，根据他的说法，这象征着两个大陆，太阳就像是北美国旗上代表联邦的州。

巴拿马共和国第一任总统曼努埃尔·格雷罗在美国告诉费利佩·布瑙·瓦里拉他喜欢这个模型，但当他到达巴拿马与革命军政府的一些成员讨论了这一点后，他和妻子玛丽亚决定放弃它，因为由外国人来决定巴拿马国籍的象征似乎不友好且不合适。

1904年巴拿马在制宪会议上通过第64号法律暂时采用国旗，于1925年第4号法律通过国民议会最终制定，并于1941年3月28日获得法律批准。1949年12月15日巴拿马第34号法律通过规范了巴拿马国旗、国歌和国徽等祖国标志使用规定，含国旗的组成部分、尺寸，以及具体使用场合。

巴拿马国旗呈横长方形，长与宽之比为3∶2。旗面由四个相等的横长方形构成：左上和右下为白色长方形，其中分别有蓝色和红色五角星；左下方为蓝色长方形，右上方为红色长方形。

巴拿马国旗上的白色象征和平；红色和蓝色分别代表原巴拿马的自由党和保守党，这两色在国旗上的位置，表示两党联合起来为民族的利益而奋斗。左上方的蓝色五角星代表忠诚和廉洁，右下方的红色五角星代表法律的权威。国旗中部的十字线，代表巴拿马位于南美洲、北美洲、大西洋、太平洋4个地域的交界处。

2023年1月9日，巴拿马举行“护旗运动”59周年纪念活动，谴责美国控制巴拿马运河期间实施的暴行，缅怀1964年1月9日在捍卫国家主权过程中牺牲的巴拿马人民。

1964年1月9日，上百名巴拿马共和国学生来到美国军队占领的运河区一所中学，要求升起巴拿马国旗，此举遭到运河区美国学生、家长以及警察的阻挠。冲突中，美国军队朝巴拿马民众射击，最终导致22人死亡，近500人受伤。此后，巴拿马人民没有停止为主权抗争的脚步，直至1999年12月，美国才将霸占近百年的巴拿马运河归还巴拿马政府。