1969年1月，吴永琪参加工作。1978年，吴永琪到秦始皇兵马俑博物馆筹建处工作。1986年，吴永琪主持了一号铜车马的修复。1987年，吴永琪任
秦始皇兵马俑博物馆副馆长。2002年，连任第十一届委员。2007年，吴永琪当选为"中国共产党第十七次全国代表大会"代表。2008年，吴永琪当选为陕西省第十届政协常委。2009年9月，吴永琪出版了书籍《秦始皇帝陵》。2021年5月18日，
秦始皇帝陵铜车马博物馆建成试开放，吴永琪参加开放仪式。2024年4月，吴永琪对“关于秦始皇帝陵何时发掘”做出回应。
吴永琪曾获“陕西省先进工作者”、“
全国先进工作者”“享受国务院特殊津贴”“陕西省有突出贡献的专家”等多项荣誉。
1969年1月，他参加工作。1978年，吴永琪到
秦始皇兵马俑博物馆筹建处工作。1985年
复旦大学历史系文博专修科大专毕业，研究员。1986年，吴永琪主持了一号铜车马的修复。1987年，吴永琪任秦始皇兵马俑博物馆副馆长。1995年，吴永琪任政协
西安市第十届委员会委员。1998年，任秦始皇兵马俑博物馆馆长、党委副书记。2001年，被授予"享受国务院特殊津贴的专家"。2002年，连任第十一届委员。2003年，任陕西省第九届政协委员会委员。2005年7月，吴永琪回应秦俑百年后变煤坑之说。
2007年，吴永琪当选为"中国共产党第十七次全国代表大会"代表。2008年，吴永琪当选为陕西省第十届政协常委。2009年9月，出版书籍《秦始皇帝陵》。2021年5月18日，
秦始皇帝陵铜车马博物馆建成试开放，吴永琪参加开放仪式。2024年4月，吴永琪对“关于秦始皇帝陵何时发掘”做出回应，他表示，地下文物很脆弱，贸然打开对文物是非常大的冲击，可能当时就坏了，不能去主动发掘。如果今后有更先进的技术，有望在不打开陵墓的前提下了解内部。
2021年5月18日，
秦始皇帝陵铜车马博物馆建成试开放，吴永琪和
袁仲一按下按钮，秦始皇帝陵铜车马博物馆的馆门被缓缓开启，步入这个下沉式铜车马新馆。
人生四十不惑，即将四十岁的
秦始皇帝陵博物院已经走出了自己的发展道路。如今已经退休的吴永琪每天都会在博物院门口绿地上遛一圈，再去看看他那些老朋友——兵马俑、铜车马。（
国家文物局评）
2024年4月，关于秦始皇帝陵何时发掘，文物修复专家吴永琪介绍，已测出皇帝陵的封土汞含量是大地本体的70多倍，意味着其中有大量水银。关于是否继续发掘，他介绍：“地下文物很脆弱，贸然打开对文物是非常大的冲击，可能当时就坏了，不能去主动发掘。如果今后有更先进的技术，有望在不打开陵墓的前提下了解内部。