物理作图是一种用于确定遗传标记在基因组上位置和距离的技术，通常使用物理尺度（如核苷酸碱基对的基因）来标注这些标记。物理作图的结果可以与遗传图谱相比较，两者互为补充，共同服务于基因组图谱的研究。

物理作图的基本原理是以物理尺度（如碱基对的基因）来标明各种遗传标记在基因组上的位置和距离。

这种方法主要针对脱氧核糖核酸分子长度在50kb以下的片段，但对于大于50kb的DNA分子，则需要选择稀有切点的内切酶进行酶切。具体操作包括使用识别多个核苷酸的内切酶，如NotI，以及选择其酶切位点在基因组中出现频率较低的内切酶。

荧光原位杂交技术（FISH）是另一种常用的物理图谱构建方法。该技术通过荧光标记的探针与DNA分子杂交，在显微镜下直接观察染色体上的杂交信号。探针可以使用荧光或同位素标记，而染色体上出现杂交信号的位置即代表探针脱氧核糖核酸在染色体上的图谱位点。实验过程中，首先制备有丝分裂中期的细胞片，然后将染色体变性成单链状态，随后加入变性后的DNA探针并进行保温处理，最终记录结果。在FISH中，一个克隆的DNA片段即可作为杂交的探针。

序列标签位点（STS）法也是一种常见的物理图谱构建方法。这种技术利用已知序列作为标签的位点作为探针，与基因组DNA杂交，从而绘制出物理图谱。作为STS，该序列应具有两个特点：一是序列已知，便于PCR检测；二是基因组中只有一个位点，不存在重复。