牡丹江市人民政府是牡丹江市的行政管理机关。

牡丹江市人民政府设置工作部门34个。其中：市政府办公室挂金融服务局牌子；发展和改革委员会挂粮食局牌子；科学技术局挂外国专家局牌子；财政局挂国有资产监督管理办公室牌子；自然资源局挂规划委员会办公室牌子；农业农村局挂扶贫开发办公室牌子；应急管理局挂地震局、煤炭生产安全管理局牌子；市场监督管理局挂知识产权局、市政府食品安全委员会办公室牌子；营商环境建设监督局挂政务服务局、行政审批局牌子。

牡丹江市市政府办公室

牡丹江市发改委

牡丹江市教育局

牡丹江市科技局

牡丹江市工信局

牡丹江市公安局

牡丹江市民政局

牡丹江市司法局

牡丹江市财政局

牡丹江市人社局

牡丹江市自然资源局

牡丹江市生态环境局

牡丹江市城乡建设局

牡丹江市交通运输局

牡丹江市水务局

牡丹江市农业农村局

牡丹江市商务局

牡丹江市文旅局

牡丹江市卫生健康委

牡丹江市应急局

牡丹江市审计局

牡丹江市外事办

牡丹江市市场监管局

牡丹江市体育局

牡丹江市经合局

牡丹江市统计局

牡丹江医保局

牡丹江市营商环境局

牡丹江市林草局

牡丹江市机关事务管理局

牡丹江市政府研究室

牡丹江市人防办

牡丹江市城管局

牡丹江退役军人事务局

绥芬河市人民政府

宁安市人民政府

海林市人民政府

穆棱市人民政府

东宁市人民政府

林口县人民政府

东安区人民政府

西安区人民政府

阳明区人民政府

爱民区人民政府

2023年4月5日，牡丹江市人民政府与大庆油田有限责任公司新能源开发战略合作签约仪式举行。