保税区站是西安地铁3号线的第26个车站（终点站），位于港务西路与秦汉大道交叉口，于2016年11月08日随西安地铁3号线的开通而开通。西安地铁3号线全长39.9公里，设车站26座。

西安市于2011年启动西安地铁3号线建设，2012年全面开工，项目2016年09月14日建成通车。西安地铁3号线全长39.9公里，设车站26座。地铁3号线呈半环形走向，东北方向连接西安国际港务区，西南方向经桥西区延伸至鱼化寨。是西安市河北轨道交通中等专业学校线网规划的骨架网线。也是西安地铁近期规划中唯一一条有高架的线路。