原名和仁，后改为周仁。他是
正亲町天皇之子
诚仁亲王（阳光院太上天皇）的第一皇子，母亲为劝修寺晴右之女
勧修寺晴子（新上东门院）。
天正14年(1586年)作为皇位继承人的父亲诚仁亲王病逝，无法接任天皇之位，于是正亲町天皇立孙子周仁亲王为皇太孙，并在同一年让位给他。1617年过世，葬于深草北陵。
后阳成天皇在位期间，处在
丰臣秀吉政权与
江户幕府的初期，两个政权在对待天皇的态度有很大的不同。秀吉由于出身卑微，需要建立权威以及拥有太阁与关白的地位，因此对
日本天皇极为尊敬礼遇，致力于恢复朝廷的威信，甚至盛大的遵古礼举办了一次聚乐第行幸，队伍行列就有上千人，天皇在还幸时，还奉送黄金与金银珠宝。
然而，到了江户幕府时，
德川家康被任命为征夷大将军，幕府对朝廷的态度转为强势干涉，连官位的任命权都掌握在幕府手上。朝廷的财政状况得到了一定的改善，但仍然贫乏，只比一个最低级的大名（三万石）好一点。
后阳成天皇于庆长十六年（1611年）藉
幕府干涉朝廷处分
女官（官女）与
公卿私通的处分为由，让位给第三皇子政仁亲王。据说德川家康因为顾忌后阳成天皇和
丰臣秀吉的关系，所以逼退天皇，让亲近德川家的政仁亲王继位。后阳成天皇于1617年（
元和三年九月二十五日）病逝，享年四十七岁，安葬于深草北陵。
后阳成这
谥号是取自
平安时代阳成天皇的谥号，当时阳成天皇被迫退位，是藤原氏强迫所致，而且还要被强迫让位给自己父亲的叔叔
光孝天皇（时年五十五）。以此讽刺
德川家族为藤原氏。