副主任科员是中国公务员职务的一种，其属于综合管理类非领导职务序列，副主任科员的级别相当于领导职务的副科长（副乡长、副镇长）。

2018年12月29日，第十三届全国人民代表大会常务委员会第七次会议审议通过了《中华人民共和国公务员法（修订草案）》，综合管理类公务员职级层次分为四等十二级：一级巡视员、二级巡视员、一级调研员、二级调研员、三级调研员、四级调研员、一级主任科员、二级主任科员、三级主任科员、四级主任科员、一级科员、二级科员。“副主任科员”这一职务将成为历史。

副主任科员应具备中等专业学校、高中以上文化程度。中共中央组织部、人力资源和社会保障部印发的《新录用公务员任职定级规定》第四条规定：“（一）直接从各类学校毕业生中录用的、没有工作经历的公务员：“……获得硕士学位的研究生，任命为副主任科员，定为二十四级；……”

提升主任科员，一般要求任副科级职务三年以上。

《中华人民共和国公务员法》第十六条规定：“公务员职务分为领导职务和非领导职务。”第十七条规定：“综合管理类的非领导职务分为：巡视员、副巡视员、调研员、副调研员、主任科员、副主任科员、科员、办事员。”