马灵娟在1993年,也就是她五岁的时候开始在滁州市体委业余体校学习武术。1997年,她被调到安徽省武术队。2004年,马灵娟进入国家队集训,接受教练方坚、赵勇的指导。
马灵娟的首次重大国际赛事是2004年的
亚洲武术锦标赛,她在枪术项目中赢得了金牌。然后,她参加了在越南河内举行的2005年世界武术锦标赛,并在同一项目中成为世界冠军。一年后,她参加了在
卡塔尔多哈举行的
2006年多哈亚运会,并在女子长拳全能项目中赢得了
金牌。几乎一年后,她参加了在北京举行的2007年世界武术锦标赛,并再次在枪术项目中获胜。这使马灵娟有资格参加2008年北京武术锦标赛,她在女子剑术和枪术的综合项目中获胜。她的最后一次重大国际比赛是在
高雄市举行的
2009年世界运动会,她在同一项目中获胜。不久之后,她在
山东省举行的2009年
中华人民共和国全国运动会的女子剑术和枪术项目中以0.01分的优势赢得了金牌。
2009年,马灵娟进入
北京体育大学武术套路代表队,接受教练何瑞红的指导。在此期间,她在多项全国和国际比赛中取得了优异的成绩,包括2010年全国武术冠军赛,枪术剑术冠军,以及2011年
全国武术锦标赛女子长拳第三名,枪术第一名等。
2005年10月获
中华人民共和国第十届运动会武术套路女子枪剑全能第三名,12月在越南举行的第八届
世界武术锦标赛中,夺得女子枪术冠军。
2006年多哈亚运会武术女子长拳三项全能凭借三项成绩分别第一,总成绩第一摘得三项全能
。