海口警备区成立于1992年11月，隶属于中国人民解放军海南省军区，在海南省军区和中共海口市委员会、海口市人民政府的领导下开展工作，下辖4个人民武装部，主要负责城市警备、“双拥共建”等工作。

1992年10月，根据中央军事委员会批复组建海口警备区，隶属于中国人民解放军海南军区。

1992年11月，海口警备区正式成立。

1993年1月，经中国共产党海南省委员会和海南军区党委讨论决定，撤销海口市人民武装部，分别成立海口市新华区、振东区和秀英区人民武装部（均为副县处级），受区委、区政府直接领导，业务上受海口警备区领导。1月18日，新华区人民武装部、振东区人民武装部和秀英区人民武装部成立。新华区人民武装部下设军事、政工、后勤科，1993～1996年干部编制9人，设部长、政委、副部长各1名，下辖基层武装部29个。振东区人民武装部下设军事、政工、后勤科，设部长、政委各1名。1993～1996年下辖基层武装部18个。秀英区人民武装部下设军事、政工科和办公室，至1996年下辖基层武装部13个。

1996年4月1日，新华区、振东区和秀英区人民武装部改归部队建制，受海口警备区直接领导。

海口警备区成立至今，先后经历了2次编制调整。