碱性氨基酸（basic amino acid），是指侧链R基在生理缓冲pH范围内带有正净电荷的一类极性蛋白质氨基酸。

碱性氨基酸包括侧链R基分别为氨基的L-赖氨酸（L-lysine）、胍基的L-精氨酸（L-arginine）以及咪唑基的L-组氨酸（L-histidine）。其中，赖氨酸为谷类蛋白质的第一限制氨基酸，可增强人体免疫功能，防止骨质流失，促进发育，对人的中枢神经系统有重要作用；精氨酸在参与机体组织代谢及调节激素分泌、免疫系统、伤口愈合等方面发挥重要作用；组氨酸在医药上可用于防治贫血，治疗风湿性关节炎、胃溃疡、过敏症及心脏病等的药物。

碱性氨基酸（精氨酸、赖氨酸、组氨酸）即水解生成的氢氧根负离子多于氢正离子的氨基酸，其特点是侧链常含有可质子化的碱性化学基团，分别是胍基、氨基、咪唑基。

属于该类氨基酸的分类

碱性氨基酸在医药上具有重要的价值，赖氨酸可以治疗营养缺乏症、发育不全及氮平衡失调症，是重要的食品及饲料强化剂，特别适于儿童食品的制造。精氨酸与脱氧胆酸制成的复合制剂（明诺芬）是主治梅毒、病毒性黄疸等病的有效药物。