尼比科学博物馆（日语：ニビかがくはくぶつかん 英文：Pewter Museum of Science）坐落在尼比市北部，是这里的一大景点，同时也是关都地方唯一一座博物馆。博物馆主要展出关于宇宙和化石的内容。

尼比科学博物馆有两层。一层是前台，里面有化石翼龙和镰刀盔的骨架化石展出。二楼是太空展，包括有航天飞机以及月之石的展出。进入博物馆需要交付50元参观费。

可以在地图上使用一字斩以后，玩家可以进入博物馆的后门，屋里有研究员可以令秘密琥珀复活为化石翼龙。在火叶版中，这里会教授地球上投。

在第二世代，博物馆关闭。

在第四世代中，博物馆进入商业运营，但是因为主要展览不在这里，所以是免费进入的。只开放一层，有研究员可以复活玩家的化石，因为使用岩石粉碎时有一定几率发现化石。前丰缘地方的冠军大吾也会出现在这里，在这里见过他之后前往希鲁夫公司的话，他会用他的铁哑铃换玩家的佛烈托斯。

尼比科学博物馆有很多展品。一楼包括有化石展览，展出古代的稀有神奇宝贝。二楼是太空展，包括有航天飞机的模型，从月球上掉落的陨石。

在第一世代和第三世代中，二楼有老者说：“1969年7月20日！人类第一次踏上月球的表面。我为了看这条新闻去借了一台彩色电视。”1969年7月20日就是现实世界中人类第一次踏上月球表面的日子。

在心金魂银版中，如果持有神秘水晶前往博物馆，在那里的冠军大吾会对这块石头进行检查，检查结果证实它与心之水滴有一定联系，是拉帝亚斯和拉帝欧斯的灵魂结晶。在这之后，根据游戏版本，会有一只出现在博物馆门口，玩家可以在此捕捉它们。如果玩家没有击败或捕捉它，它会再次出现。

在特别篇漫画中，小刚是博物馆的守卫之一。在那里他获得了化石盔并使之进化为镰刀盔。后来有两只鸭嘴火龙让博物馆着火了，小智用他刚刚捕捉到的穿山鼠扑灭了火焰。

在第一世代中，航天飞机模型前面的说明是“哥伦比亚号航天飞机”。然而可能是因为2003年2月1日，哥伦比亚飞船返航造成7人丧生的事故，美版中的说明被改成了“太空船”，而日版不变。