中国质谱学会成立于1980年9月22日，是在浙江杭州举行的会议上正式成立的一个非营利性学术团体。该学会隶属于中国科学院。

质谱学在中国的历史可以追溯到20世纪初期，当时英国物理学家J.J汤姆逊的工作开启了这一领域的先河。中国的质谱学研究始于20世纪50年代中期，由杨承宗教授领导的研究团队开始研制尼尔型质谱计，并翻译出版了相关书籍。此后，随着新型同位素质谱仪器的引进，以及1961年在北京举办的首次全国质谱学会议，中国质谱学逐渐发展起来。1978年，中国科技大学在安徽合肥举办了第二次全国质谱学会议，筹备成立了中国质谱学会。1980年，《质谱》期刊的创刊为学会的成立奠定了基础。同年，中国质谱学会在浙江杭州成立，标志着中国质谱学发展的新篇章。学会定期举办各种学术活动，促进了质谱学在国内的发展。2004年，中国质谱学会进行了最新的换届选举，目前拥有超过600名会员和140多个会员单位。