先后承担过国家自然科学基金项目5项，承担过国际合作项目3项和浙江省科技计划项目1项。1992年为执行中国-
奥地利科技合作协定，到奥地利
格拉茨技术大学数学研究所开展合作研究7个月，1993-1995年，应邀到美国
明尼苏达大学计算机科学系及美国内布拉斯加-
林肯大学计算机科学与工程系开展合作研究各一年。发表科研论文40余篇，出版学术著作6本，参加在美国奥兰多、
澳大利亚巴拉莱特、美国
田纳西州、
墨尔本和中国香港等地主办的国际会议各一次，在会上宣读并发表学术论文多篇。1982年起，在国内率先开设出数学建模课程。经过20多年的课程建设与教学改革，该课程已于2003年被教育部授予首批国家级精品课程、相关的教改项目于2000年通过国家级鉴定。
杨启帆承担国家自然科学基金项目5项、国际合作项目3项、
浙江省科技计划项目1项。杨启帆在国内外著名杂志上发表组合优化论文40余篇，主编出版数学建模教材等著作5本。杨启帆主持国家理科基地创建名牌课程和创建优秀课程项目各一项、振兴行动计划项目一项。
杨启帆主持的教改项目于2001年获浙江省教学成果
一等奖，2002年获国家级教学成果奖
二等奖。2002年获国务院政府特殊津贴，2003年获浙江省名师，2004年被授予浙江省优秀教师称号，2006年获国家级教学名师。