马尾藻科（学名：Sargassaceae）是墨角藻目的一个科，属于褐藻纲，色藻界生物。藻体黄褐色，多细胞，含大量墨角藻黄素，贮藏物质为褐藻淀粉和甘露醇。主要生长在海洋环境中。马尾藻科的代表种类为马尾藻属(Sargassum C. Ag.)，生活在中、低潮带岩石或石沼中。

马尾藻科的藻体有类似茎、叶的分化，具有气囊。生活史中只有单一独立生活的二倍体世代。卵式生殖，卵囊内一般形成一个卵。

藻体分固着器、茎、叶和气囊四部分。茎略呈黑三棱形，叶子多为披针形。藻多大型，多年生，可区分为固着器、主干、分枝和藻叶几部分。固着器有盘状、圆锥状、假根状等。主干圆柱状，长短不一，向四周辐射分枝；分枝扁平或圆柱形。藻叶扁平，多数具有毛窝。具气囊，单生 ，圆形，倒卵形或长圆形。雌雄同托或不同托、同株或异株 。生殖托扁平，圆锥形或纺锤形 。

中国常见的有:①海蒿子,主要产于黄渤海沿岸。主枝和分枝圆柱形，其上长有刺状突起，尤其是幼枝特别明显，下部藻叶明显反曲。②羊栖菜，主要产于福建省和广东省东部沿海，藻体肥厚肉质，藻叶通常为棒状，长匙形或线形，边缘具锯齿或缺刻，有时叶的顶端膨大形成囊状，可食用。③鼠尾藻，中国沿海都有生长，主干较短3～5毫米长，常常密生鳞片状小叶，或留下叶痕。枝上有纵向沟纹，沟纹常自叶的基部向下。④匍枝马尾藻，主要产于海南岛。主干圆柱形，表面具有瘤状突起，顶生数条向下具有分枝的匍匐枝，主枝和分枝上密生小刺。

马尾藻科的藻类生近海中，可做饲料，又可用来制褐藻胶和绿肥。