中国农业科学院植物保护研究所创建于1957年8月，是以华北农业科学研究所植物病虫害系和农药系为基础，首批成立的中国农业科学院五个直属专业研究所之一，是专业从事农作物有害生物研究与防治的社会公益性国家级科研机构。

中国农业科学院植物保护研究所创建于1957年8月，时有在职职工116人，设有植物病害、农业虫害和农药等三个研究室，是专业从事农作物有害生物研究与防治的社会公益型科学研究机构。

1970年初，研究所病虫研究部分搬迁至河南省、农药研究部分搬迁至重庆市；1979年从河南、重庆搬回北京。1989年，中国农业科学院原子能利用研究所微生物研究室整建制划转研究所。1992年，植物病虫害生物学国家重点实验室正式对外开放。2006年，农业环境与可持续发展研究所原植物保护和生物防治学科划转至研究所。2013年，依托研究所的国家农业生物安全科学中心投入使用。2013年，研究所入选中国农业科学院科技创新工程第一批试点研究所。

在中国农业科学院2012-2021连续十年科研院所评估中，植保所位居人均实力第一。

现有在职职工248人，其中科技人员239人，占在职职工总数的96.4%。其中，高级专业技术职务人员192人，占科技人员的比例达到80.3％；具有博士学位人员194人，占科技人员总数的81.2%。中国工程院院士1人，入选国家高层次人才特殊支持计划16人，获国家自然科学基金创新研究群体资助1个，国家杰出青年科学基金获得者5人、国家优秀青年科学基金获得者4人，中国青年科技奖获得者2人，何梁何利基金奖获得者2人，农业科研杰出人才及其创新团队10人（个），入选“创新人才推进计划”中青年科技创新领军人才8人。形成了一支以院士为龙头、高级科技人员为主体、青年优秀科技人才贮备丰厚、在国内外具有较高影响力的专业技术人才队伍。

创新工程实施跨越发展期，研究所建设有18个创新团队，分别是粮食作物真菌病害监测与防控、经济作物真菌病害监测与防控、作物病毒病害监测与防控、作物线虫与细菌病害监测与防控、经济作物虫害监测与防控、粮食作物害虫监测与控制、农药应用风险控制、农药分子靶标与绿色农药创制、土壤有害生物防控、智慧植保、天敌昆虫保护与利用、植物病害生物防治、作物病原生物功能基因组研究、抗虫功能基因研究与利用、抗病虫作物生态安全评价与利用、农业入侵生物预防与监控、农田禾本科杂草监测与防控、草地虫鼠害监测与防控等。

研究所设有植物病害监测与防控、农业害虫监测与防控、农药研究、生物防治、植保生物技术、入侵生物预警与防控、杂草鼠害与草地有害生物防控等7个创新中心，全面涵盖了当今植物保护学科的内容，形成了植物病害、植物虫害、杂草鼠害、化学防治、生物防治、生物安全和植保生物技术等7个院级重点学科领域，建成了完整的现代植物保护学科门类，每个学科领域涵盖2-4个研究方向。

植保所主持承担省部级及以上项目（课题）242项，其中国家重点研发计划项目15项，课题16项；“973”计划课题4项；国家科技支撑计划课题3项；国家科技基础性工作专项5项；“948”计划1项；转基因重大专项6项；公益性行业（农业）科研专项7项；国家自然科学基金150项。现代农业产业技术体系岗位科学家11人。

近年来，获得各种科技成果奖励56项，其中国家科学技术进步奖6项，省部级奖32项，中国农业科学院科技成果奖8项，中国植物保护学会科技进步奖10项。“中国小麦条锈病菌源基地综合治理技术体系的构建与应用”荣获2012年度国家科技进步一等奖，“主要农业入侵生物的预警与监控技术“荣获2013年度国家科技进步二等奖，“农药高效低风险技术体系创建与应用”荣获2016年度国家科技进步二等奖。获国家发明专利226项，实用新型专利29项。审定农作物新品种和获新品种保护6个，获得农药登记证32个，制定国家和行业标准150余项。

建所以来，累计发表论文8000多篇，其中SCI论文1500余篇。2018年共发表科技论文363篇，其中以第一单位或通讯单位在Cell Host \u0026 Microbe、Science Advance、PLoS 病原体、Annual Review of Entomology、PNAS等顶尖杂志上发表SCI论文突破17篇。研究在国际顶级学术期刊发表论文数量逐年增多，彰显了部分科研团队达到国际领先水平。

研究所构建了较为完善的植物保护科技平台体系。建成了由国家农业生物安全科学中心、植物病虫害生物学国家重点实验室、农业农村部作物有害生物综合治理重点实验室（学科群）、农业农村部外来入侵生物预防与控制研究中心、中美生物防治合作实验室、MOA-CABI作物生物安全联合实验室等组成的植物保护科技创新平台体系；以依托中国农业科学院植物保护研究所建立的农业农村部转基因植物环境安全监督检验测试中心（北京）、农业农村部植物抗病虫性及农药质量监督检验测试中心（北京）为主体构成了科技服务平台。廊坊市、内蒙古自治区锡林郭勒盟、河南新乡、甘肃天水、广西桂林、公主岭市、山东长岛和新疆库尔勒8个野外科学观测试验站（基地）的植物保护科技支撑平台体系已初具规模。

通过科技下乡、科技兴农等方式，开展技术服务、技术转移，大力示范推广科研成果。2009年以来，针对农业生产的实际需求，研发主要农作物重大有害生物防治的新技术、新产品和新品种等176项，其中93项得到广泛应用，有效地控制了农作物有害生物的发生和危害，实现新增社会经济效益23亿元左右，对农作物有害生物的持续有效治理发挥了重要作用。

以廊坊农药中试厂为龙头，中保绿农科技集团有限公司为载体，组建了“中保兴农种业公司”、“中保科农生物公司”、“中保益农物业管理公司”和“中保御京香餐饮公司”等子公司，促进农药厂向集团化方向发展，全年销售额已达到2.3亿元，取得了明显的经济效益和良好的社会效益。

通过与阿里巴巴集团和天猫这2个国内最大的B2B和B2C电子商务平台合作建立中保官方旗舰店，将有力推动中保品牌和技术品牌的建设，为解决“服务好最后一公里”这一国家农技推广服务思路增加了新的渠道和方式，利用植保所资源优势和“把论文写在大地上，把科技送进千万家”的理念，为变革中的中国农村乃至城市迅速提供最专业的植保服务和作物解决方案。

据2016年11月研究所官网显示，研究所拥有1个博士后流动站，8个重点二级学科的硕、博士学位授权点。

据2016年11月研究所官网显示，研究所共有在籍博士生79人，硕士生217人，联合培养客座研究生200余人，外籍研究生16人。

研究生由中国农业科学院研究生院统一组织招生、授课和学位授予，课程学习期间由研究生院实行全方位管理；课程结束后跟随导师进入研究所开展课题研究，直到完成毕业论文，在所期间，研究生主要由各专业研究所负责管理，研究生院进行辅助管理。

研究所定期评选研究生奖学金，参与中国农业科学院研究生院年度优秀论文的评选。2016年9月，研究所3名研究生获中国农科院2015年度优秀论文奖。

研究所标志是由研究生英文简称“IPP·CAAS”构成的艺术图案。

“I”使用英文小写字母，其中小写字母的点为红色圆点，标志整体为绿色，与植物保护的研究特色符合。

图案整体又如“保”的图案，寓意植物保护。