次年,因与郑成功有矛盾,陈宝钥惧得罪,自
泉州市降清。清廷以监司用,清顺康之际,在青州海防道任。
康熙帝元年壬寅(1662年),
吴三桂弑永历于
云南省,明统绝祀。郑成功、
李定国以忧愤卒。清廷委陈宝钥招降南明残部,同时命后来曾为
曹寅老师的
周亮工代之。陈宝钥后来又任江南驿传盐驿道,兼扬州钞关。
康熙九年(1670年),赴贵州粮驿道任。吴三桂反清,陈宝钥从之,被委以按察使之任。
康熙帝十八年(1679年)二月,复降于清,回乡终老。有《陈绿崖诗集》传世,
乾隆时被列入《禁毁书目》。