宝林寺在今绍兴城南塔山麓。刘宋元徽元年（473），皮道与舍宅、法师慧基建造。初名宝林寺，连山建寺。晋末沙门昙彦与名士许询建砖、木两塔。唐会昌毁寺，干符元年（874）重建，改名应天寺。

光启中（885～888），姑苏高僧希圆，居宝林寺勤修三学，演畅经论，着《玄中钞》数卷。宋乾德元年（963），僧皓仁重建塔，名应天塔。乾德三年（965），敕改清凉寺。崇宁三年（1104），诏改崇宁万寿禅寺，旋改天宁寺。绍兴七年（1137），敕改报恩广孝禅寺。乾道末（1173），置田5000余亩，后寺塔几经毁建，寺田亦失。元至元中（1335～1340），大同法师主事宝林寺，着《宝林类编》、《天柱诗稿》等行世。

明永乐十一年（1413）。僧善？筹资建寺。嘉靖（1522～1567），僧铁瓦复建塔。万历六年（1578），寺僧真理募缘修塔。清康熙初年，僧性觉再度修缮。民国19年（1930），寺毁。后虽复建，然难复旧观。1956年8月，复毁于台风。存晋朝西方三圣石佛，移供于药师庵。1985年，应天塔，复建寺，以清凉名，辟为旅游点。