民国27年（1938年），中国红十字会战时医疗防疫队在定海女子小学、沈家门存济医院、紫微民教馆举办“战地救护”训练，传授急救包扎技术和护理知识，这是
舟山市早期的红十字会活动。1957年10月19日，
定海区红十字会筹备委员会成立，1960年1月，定海县红十字会改名为舟山县红十字会，1964年6月，省人民委员会同意舟山专区红十字会保留行政编制1人，事业编制2人，1967年起，因“文革”致使红十字会组织瘫痪，活动停止。
1988年8月，
舟山市人民政府办公室批准成立舟山市红十字会筹备委员会，1989年4月15日，舟山市红十字会成立大会在定海召开，选举产生第一届理事会，王孝林任会长，杨尔昌、丁祖良、陈乐铭、童冠佩、孙念增任副会长，秘书长沈树君，副秘书长徐永法，聘请王家恒为名誉会长，市红十字会办公室挂靠在市卫生局。1996年召开第二次会员代表大会，选举产生第二届理事会，王世和担任会长，叶佩珠任秘书长。2002年召开第三次会员代表大会，选举产生第三届理事会，冯淑仙担任会长，叶佩珠任秘书长。
2006年8月，市机构编制委员会批准市红十字会机构独立设置，按群团管理，核定编制4名，设副处级专职副会长1名，秘书长1名（正科级）；2007年1月，
舟山市人民政府任命叶佩珠同志为舟山市红十字会专职副会长；红会工作经费编入市财政2007年部门预算，办公用房单独租赁，基本理顺了管理体制。
2008年9月25日，
舟山市红会第四次会员代表大会在
定海区召开，会议选举产生了市红会第四届理事会、常务理事会，
冯淑仙连任会长，叶佩珠当选专职副会长，郑方斌、乐海华、严济岳、缪和平、曹国英、余海刚任副会长（兼），高海英任秘书长。聘请市委书记、市人大常委会主任梁黎明，市委副书记、市长周国辉，市委副书记钟达，副市长韩平为名誉会长。
到2008年底，市红十字会核定编制5名，实有工作人员9名（含聘用人员3名）。全市共有县（区）红十字会4个，管委会红十字会1个，红十字基层组织和团体会员单位81个，红十字会员14963名，其中青少年会员11997名，红十字志愿者2670名。
舟山市红十字会及全市其他各级红十字会，遵循国际红十字运动“人道、公正、中立、独立、志愿服务、统一、普通”七项基本原则，积极履行《中华人民共和国红十字会法》赋予的各项职责，大力弘扬“人道、博爱、奉献”的红十字精神，充分发挥红十字会在人道救助领域中的政府助手作用，红十字事业不断向前发展。特别是近年来，我们在备灾救灾、救护培训、博爱济困、志愿服务、社区服务、红十字青少年、捐献造血
干细胞、
舟山群岛渔农民流动医院等方面做了大量工作，先后荣获中国红十字会总会颁发的“全国红十字卫生救护工作先进集体” （2006年）、省红十字会颁发的“赈灾募捐
特别贡献奖”（2001年）、“
12·26印度洋地震募捐最佳组织奖”（2005年）、“全省红十字系统先进集体”（2007年度）、 “抗震救灾最佳组织奖”( 2008年)以及市政府办公室授予的2006年、2007年“舟山群岛渔农民流动医院工作先进集体”等荣誉称号。2009年10月，又被
人力资源和社会保障部、中国红十字会总会评为全国红十字会系统先进集体，这是舟山市红十字会首次获得如此高的荣誉。