倒置荧光显微镜是一种特殊的显微镜，其设计使得物镜、聚光镜和光源的位置相对于常规显微镜进行了反转。这种显微镜通过荧光附件与倒置显微镜相结合，实现了对培养皿中活体样本的显微观察和研究。它尤其适合于观察未经染色的透明活体，如土壤微生物培养实验中的样本。

倒置荧光显微镜是由荧光附件与倒置显微镜结合而成的一种显微镜。倒置显微镜本身是为了适应生物学、医学等领域中的组织培养、细胞离体培养、浮游生物、环境保护、食品检验等显微观察而设计的。为了实现对培养皿中活体样本的直接显微观察，倒置显微镜的物镜和聚光镜工作距离较长，能够直接对培养皿中的样本进行观察和研究。在这种基础上，加入荧光附件，包括激光激发块、荧光光源、荧光照明器和激发块切换装置，便形成了倒置荧光显微镜。

倒置荧光显微镜具备高信噪比，能够在捕捉极弱荧光的情况下获取高品质的图像。这一特点对于现代生命科学的研究尤为重要。奥林巴斯公司在UIS2系统中对物镜进行了精密设计，使其能够以较低的激发光强度捕获明亮的荧光图像，同时保持较高的光透过率和信噪比。此外，该公司还改进了荧光激发块的干涉镀膜技术，使得激发带宽和荧光带宽更加精确，从而进一步提升了信噪比。奥林巴斯的荧光激发块采用硬镀膜技术，不仅延长了使用寿命，还在潮湿环境中表现出更好的耐用性。针对特定荧光蛋白，如ECFP/EFP/EYFP/DsRed，BX2系列HQ型荧光激发块能够提供最佳的波长匹配，确保高锐化的镀膜和高透过率，有效降低荧光衰减的风险。在抑制杂散光方面，奥林巴斯的荧光激发块通过独特的光吸收涂层，能够吸收超过99%的杂散光，显著减少了信号干扰。BX2系列还推出了新的PLAPON60XO物镜，拥有目前普通观察方法中最高的数值孔径，适用于荧光成像，并支持紫外线激发，这是以往普通显微镜无法实现的。UPLSAPO100×O物镜在340nm处依然保持着高透过率。

倒置荧光显微镜广泛应用于土壤微生物培养实验，以及其他需要在培养瓶或培养皿内进行显微观察的领域。它可以观察不经染色的透明活体，特别适用于对活体细胞和细胞离体培养等显微观察。

国内外多家显微镜制造商生产有倒置荧光显微镜。其中，进口品牌的代表有奥林巴斯的IX71和CKX41型号，以及尼康株式会社的Ti系列。近年来，国内品牌也在不断推出自己的倒置荧光显微镜产品，如mshot MF51，这款产品的荧光亮度高，成像清晰，已接近国际同类中档显微镜的水平。