南千住站（
日语：みなみせんじゅえき Minami-senju eki）是位于日本
东京荒川区南千住四丁目，属于东日本旅客铁道（JR东日本）、
东京地下铁、
首都圈新都市铁道的
铁路车站。1987年（
昭和62年）4月1日国铁分割民营化成为JR东日本车站。2004年（平成16年）4月1日营团民营化成为东京地下铁车站。2005年（平成17年）8月24日
筑波快线车站开业。
3公司站体分别在不同建筑，因此只能站外转乘。JR东日本站房在筑波快线建设时的2005年改建，增加无障碍设施。另外，
东京地下铁站房也在同年进行整修增加无障碍设施。筑波快线站房在建设时就已加入无障碍设施。
岛式月台1面2线的
高架车站，月台在二楼。唯一的南侧出口位于日比谷线车站的北口附近。地方居民提出增设北口的请求，但JR东日本以“未达增设出口的使用人数”为理由拒绝，并表示“若是地方（
荒川区）愿意负担开设费用，或是使用人数达到标准，将研拟设置”。本站是JR东日本车站服务的业务委托站，设有指定席售票机、自动验票闸门。过去曾有绿色窗口，但已于2011年8月31日关闭。检票口外设有KIOSK，月台设有候车室。
本站发车的
常磐线于
上野～取手间为快速运行。可于北千住换乘常磐线绫濑方向各站停车列车。
相对式月台2面2线的
高架车站。月台位于三楼，两个出口为三之轮站方向（南口）和
北千住站方向（北口），北口接近JR车站入口。电梯设于北口侧。北千住方向月台要搭乘电梯时，须先下到2楼搭乘。由于邻近千住检车区，早有本站起讫的列车班次。本站也是乘务员换班的地点。1962年5月31日日比谷线延伸以前，往北千住站须转乘常磐线。
相对式月台2面2线的地下车站。已导入月台门等安全装置。1楼为（JR常磐线高架下、站房对侧）大厅，月台在地下2楼。出入口与检票口只有1处。开业当初剪票口旁有商店，之后改设自动贩卖机。本站是采用明挖回填式兴建，工程时期位于设站位置上方的
常磐线南千住站因此暂时移至临时线路。
旧日光街道（国道4号）沿本站西侧行走。
江户城四宿中的千住宿是本站附近和北千住站附近地区的总称，这边又称小千住、千住南组。
江户时代在此有小冢原刑场，
桥本左内与鼠小僧次郎吉之墓所在地的回向院亦在车站附近。JR车站旁是
荒川区立南千住第二中学校，还是
东京立产业技术高等专门学校荒川校区与东京都立荒川工业高等学校的最近车站。JR货物隅田川站、日比谷线车辆基地千住检车区在本站东侧。另外，日比谷线车站东南部是
都营巴士南千住营业所。2008年6月下旬，JR站房前东侧的商业设施开幕。另外，东口侧有复合商业设施BiVi南千住、LaLa Terrace 南千住。
松尾芭蕉在1689年自千住开始奥之细道之旅，因此站前广场设有其铜像。