宇智波灭族事件出自于《
火影忍者》，这是继“九尾之乱”，一场全族被灭的事件，这次事件中幸存的宇智波族人只有
宇智波带土、
宇智波鼬和宇智波佐助【目前幸存者只有佐助】。全族灭亡后带土和
志村团藏收集了大量写轮眼，加入了“晓”，佐助则以向鼬复仇而活下来。
终末之谷决战结束后，宇智波一族渐渐显露出对
千手柱间独霸木叶的不满。一部分族人开始争夺木叶的重要职务，试图瓦解千手一家独大的局面，甚至图谋火影的宝座。千手以及其他
族群更是对宇智波斑的叛乱行为耿耿于怀；对宇智波丧失信任、隔阂与日俱增。
千手扉间为了避免引起大事、同时又不能对宇智波赶尽杀绝。
千手扉间成立木叶警务部队，主要职务均由宇智波族人担任；这既是表达对宇智波的信任，也同时可以观测宇智波的一举一动。自此之后，宇智波在木叶的名望、权利达到顶峰。同时以
宇智波富岳为首的宇智波族人也逐渐对木叶的不满，试图夺取政权而发动内战。
宇智波鼬成为了双重间谍，宇智波富岳让他观察木叶高层，相反的，木叶高层让鼬去观察宇智波一族。
宇智波族人日益不满，特别是在九尾之乱时期，只能听从木叶指挥而不能战斗，被他们所惩治的人憎恨。宇智波加入暗部后，为了收集情报而命令鼬监视木叶高层，同时安排宇智波止水监视鼬，但止水将此内容告诉鼬。
以
猿飞日斩为首的高层，对宇智波的行动有所察觉，猿飞日斩主张和平解决而不是动用武力，但
志村团藏试图一举歼灭宇智波一族。
宇智波在南贺
神社准备发动叛乱，此时，鼬正在神社外的树上监视。同时汇报给木叶高层，高层人员大为惊讶。汇报完后，志村团藏找到鼬并以
宇智波佐助威胁鼬去灭族，
宇智波鼬只能答应。鼬找到了面具人（
宇智波带土）计划实行灭族任务但前提不能对村子和佐助动手。
当天晚上，带土用神威转移到木叶警务部前动手，鼬也同时动手。在那之后鼬站在电线杆望着归来佐助感到伤心，鼬回到家中准备杀死自己的父母，但鼬下不了手，父母将佐助托付给鼬，认为鼬是一个“善良的人”。最后佐助回到家中被鼬的
古彩戏法击倒。
宇智波全族灭亡，佐助在追逐自己的哥哥时开启单勾玉写轮眼，用
手里剑击中了鼬的护额而掉下来，佐助因耗尽体力倒下，鼬捡起护额戴上并流下了眼泪。
听到此事的木叶高层立即出动暗部到宇智波一族的领地，日斩命令回收所有宇智波族人的遗体并把
宇智波佐助送去医疗班。最后
志村团藏离开时被鼬威胁，说出如果对佐助下手，我就将所有情报卖给他国的话。
第二天，鼬找到
猿飞日斩，同时支开所有暗部，日斩向鼬保证照顾佐助，而鼬则加入“晓”防止带土对木叶动手，鼬对日斩道歉说族人不领情，但日斩却说自己太天真，未能阻止悲剧的发生。