菏泽市博物馆成立于1984年，位于山东省菏泽市牡丹区华英路，是综合性国家三级博物馆。菏泽市博物馆前身为1967年成立的菏泽地区毛泽东思想展览馆；2019年12月，菏泽市博物馆新馆开工建设；2021年，与鲁西南民俗博物馆整合组建为新的菏泽市博物馆。

菏泽市博物馆包括华英路馆和天香路馆两部分：华英路馆占地面积13000平方米，建筑面积4200多平方米，展厅面积1900多平方米，截至2024年，馆藏有晚商纹宰甫卣、元青花龙纹梅瓶、元代古船、唐寅《山居对弈图》等藏品18000余件（珍贵文物338件）；天香路馆占地面积2070平方米，建筑面积1240平方米，展厅面积700多平方米，截至2024年，馆藏有清太平车、花轿、马拉轿车、架子床等各类民俗藏品5068件。

截至2024年，菏泽市博物馆是山东省菏泽市爱国主义教育基地、科普教育基地、山东省级文明单位、山东省首批国家免费开放博物馆，是菏泽市的公共文化服务阵地和对外文化交流窗口单位之一。

1967年，原菏泽地区革命委员会决定在菏泽城东关外路北城墙以东、原地区印刷厂路南建设“菏泽地区毛泽东思想胜利万岁展览馆”，三层，建筑面积1800平方米。1969年竣工，1971年原菏泽地区革命委员会决定将大楼改为菏泽宾馆，1972年更名为菏泽地区展览馆。1980年6月，菏泽市展览馆与菏泽地区文物管理站合并成立菏泽地区文展馆，1985年1月，菏泽地区文展馆更名为菏泽地区博物馆。1991年12月菏泽地区博物馆选址建设新馆，1996年4月正式开馆。2000年菏泽地区撤地改市，菏泽地区博物馆遂更名为菏泽市博物馆。

菏泽市博物馆的基本陈列为《菏泽市馆藏文物精品展》，陈列面积296平方米，共分为陶器、瓷器、青铜器、玉器、杂项等五部分，共展出藏品近百件。其中较为重要的展品有宰甫卣（晚 商）、鎏金佛像（北齐）等。晚商青铜酒器宰甫，蘑菇形钮盖，盖顶、器腹饰兽面纹，盖沿、圈足饰纹、兽面纹，提梁饰勾连纹，两端饰牛首。器盖和器底内壁对铭三行23字，大意是，殷王自豆麓狩猎归来宴时，赏给宰甫五串贝，宰甫因作此器以志其事。其他长期专题陈列主要有《菏泽市木版年画展》，陈列面积296平方米、《菏泽市博物馆馆藏书画展》，陈列面积296平方米。

截止2019年，菏泽市博物馆有藏品总数10417（件套），珍贵藏品266（件套）。其来源有征集、收购、考古发掘品 移交、社会捐赠等渠道，分为陶器、瓷器、金属器、书画、玉器、古籍善本、杂项等七大类。

1999年9月29日至10月20日举办的《辉煌的历程——菏泽地区50年建设成就回顾展 》获山东省文化厅颁发的庆祝新中国成立50周年“一馆一展”评比活动优秀奖和菏泽地委、行署颁发的“庆祝新中国成立50周年活动组织奖”。2002年8月，来自德国、意大利、罗马尼亚、奥地利、土耳其等国家的画家、雕塑家及来自北京、济南市等地国内部分知名画家，在菏泽市博物馆举办了《中外艺术家迎奥运绿色行动菏泽行画展》。自2003年举办首届起，至2008年菏泽市博物馆已成功承办了6届“牡丹杯”全国书画名家作品展。