林存师从真德秀，宋端平二年(1235年)进士，
嘉熙二年(1238年)，词科，授
吏部侍郎，
中书舍人，兼直学院侍讲。
宝祐元年(1253年)，知湖州(今
浙江省吴兴县)，宝五年(1257年)秋，明堂执绥备顾问，称旨，除
礼部尚书兼侍读提纲事，累迁同知枢密院事兼参知政事。翌年，以资政殿学士知
建宁府，不赴，遂提举洞霄宫，不久，任湖南安抚使，知湖州。
林存年少时登科，后被
赵昀招为驸马。有一天夜晚，驸马林存与公主戏玩，自吹家乡
琅岐岛有“千里花园”“万亩鱼池”，门前“双龟把口”“五虎守门”，自己平时“玩龙台”“睡凤窝”，吃“金椿白米”“佐
银鱼干汤”等。公主听完，半信半疑。翌日，公主便将林存的话告诉了她的父皇。
理宗皇帝听完后龙颜大怒，觉得驸马是口出狂言，竟敢把自己家乡的琅岐岛与皇家相媲美，这简直就是欺君犯上。于是，皇帝便下旨，命心腹太监前往琅岐岛调查。那名太监姓严，与林存是同乡，某次与驸马同时回乡探亲，其狐假虎威，鱼肉乡里，遭到驸马训斥凌辱，故而怀恨在心，结下私仇。这次奉旨查案，对他来说是难得的报仇机会。严太监回家乡琅岐玩了几天便回京复命，他故意抹黑林存，还添油加醋。不仅说林存居心不良，蔑视皇家，还说他在家乡写反诗，勾结海洋贼寇，招兵买马，积草存粮，要谋反
大业，企图夺取大宋江山。
皇帝认为严太监和林存是同乡，想必不会说假话。而且做为皇帝，他最怕臣子谋反，一气之下，当即就下旨要将林存推出午门斩首。公主听闻此事，便向自己母后求助。皇后也很着急，恳求皇上刀下留人。皇帝问公主：“驸马这些话是什么时候对你说的？”公主回答道：“是晚上睡觉时说的。”皇后连忙插话：“那是夫妻开玩笑，不可当真，请皇上开恩。”皇帝心想，倘若杀了驸马，那自己女儿岂不成了寡妇，于是又下旨命快马赶赴法场，把驸马带回皇宫。然而，监斩官是那个严太监，未到午时三刻就提前行刑了。皇帝追悔莫及，只好把严太监也处死了，并为林存平反恢复名誉，赐金头玉葬。龙台驸马成千古遗恨。