西藏佛学院的前身成立于1982年，为落实宗教政策，西藏自治区曾办过佛学院。1985年7月21日，西藏佛学院在
哲蚌寺举行开学典礼。但由于部分学员、领导参与游行示威，政府于1996年停办该学院。此次西藏恢复建立佛学院，力争将其打造成为西藏第一所高层次藏传佛教综合性院校。西藏佛学院隶属
西藏自治区党委统战部管理。西藏佛学院建设工程于2008年10月18日动工，于2011年9月通过验收。2011年10月20日，西藏佛学院在
拉萨市正式落成开院。
西藏佛学院内建有僧尼法会所用大殿，会议室、学员宿舍、教学楼等，并以藏式建筑风格为主，以绛红色为主色调；大殿内供奉有三尊大佛像，以各教派创始人及其功绩为大殿壁画主要内容，整个学院环境优美，清净优雅。供奉有
藏传佛教各大教派主供佛像的主殿，落座在学院正中央，其建筑风格依
曼陀罗形状而建。
西藏佛学院内建有僧尼法会所用大殿，会议室、学员宿舍、教学楼等，并以藏式建筑风格为主，以红色为主色调；大殿内供奉有三尊大佛像，以各教派创始人及其功绩为大殿壁画主要内容，整个学院环境优美，清净优雅。
西藏 佛学院借鉴
中国高级藏语佛学院将现代学院式和传统经院式相结合的教学模式，首次分设了
密宗、显宗、活佛三个学部，开设了法制、公共、佛学三类课程。西藏佛学院现有经师13名，全部是来自
西藏自治区各大寺庙的高僧大德。
1987年，中国藏语系高级佛学院在北京成立，开创了
藏传佛教学院式教育的先河，至今已有6届66名学员顺利毕业并获得“拓然巴”学位。自治区政府邀请安排到“西藏佛学院”的教授，全部是来自西藏自治区各大寺庙五大教派的高僧大德。
而来自雍仲本教寺院的，就是西藏自治区政协委员、
北京大学研究生、国际雍仲本教联合会副会长、西藏那曲罗坡寺活佛——贡赛宁波仁波切。自西藏佛学院成立以来，
竹清嘉措仁波切一直担任教授，负责雍仲本教
密宗、显宗、大圆满和教派历史文化的教学。
2012年7月26日，班禅额尔德尼·确吉杰布前往西藏佛学院考察，并举行佛事活动。期间，他告诫所有在学院学习的活佛和僧人学员，要潜心修法、利乐众生、护国利民、弘扬佛法。