郑丽君大学毕业于台湾大学哲学系，后取得法国
巴黎第十大学哲学系政治、经济、
社会哲学组硕士学位。2001年，郑丽君担任
东吴大学政治系兼任讲师及
财团法人台湾地区“智库”办公室主任。2004年5月20日，郑丽君担任台湾地区“青年辅导委员会主任委员”。2012年1月14日，郑丽君当选成为台湾地区第八届“立法委员”。2016年4月20日，郑丽君出任台湾地区文化主管部门负责人。2020年5月14日，郑丽君确认辞去台湾地区文化主管部门负责人职务。2024年4月，
赖清德公布第一批行政机构人事，
卓荣泰随后宣布，中国台湾地区行政机构副负责人为郑丽君。
郑丽君大学时期就读于台湾大学哲学系，就读期间创立台大掌中剧团并担任创团社长。1995年，郑丽君取得法国
巴黎第十大学哲学系政治、经济、社会哲学组硕士学位。1996年，郑丽君就读于法国高等社会科学院历史与文明硕士班，并于1997年成为法国巴黎第十大学哲学博士候选人，同期担任“留法台湾同学会”发起人兼会长。1999年，郑丽君就读于法国高等社会科学院
制度经济学硕士班。
2001年，郑丽君担任东吴大学政治系兼任讲师，同年开始担任财团法人台湾地区“智库”办公室主任。2004年5月20日，郑丽君担任台湾地区“青年辅导委员会主任委员”。2008年2月20日，郑丽君辞去台湾地区“青年辅导委员会主任委员”职务。
2011年6月29日，民进党公布不分区“立法委员”提名名单，郑丽君在列。2012年1月14日，郑丽君当选成为台湾地区第八届“立法委员”。2016年4月20日，中国台湾“准行政院长”林全公布第4波“内阁”人事，其中郑丽君出任台湾地区文化主管部门负责人。2020年5月14日，郑丽君确认辞职，成为民进党蔡英文第一任任期结束前的“内阁总辞”中第三位确认不留任的高级官员。
2024年1月29日，民进党2024年台湾地区领导人选举当选人赖清德于5月20日就职，民进党民代当选人王世坚认为，新任台行政机构负责人应该由前文化部门负责人郑丽君出任。同年4月消息，中国台湾地区行政机构副负责人为郑丽君。
2013年3月14日，台湾地区立法机构审查民进党版“非核家园推动法”草案，国民党团坚持待台湾行政机构版付委后再并案审查，绿营““立法委员””坚持先审该党版本，双方推挤，蓝营“立委”陈淑慧和绿营“立委”郑丽君激烈拉扯，主席台的麦克风线被扯断。
2015年4月10日，台湾地区监察机构公布廉政专刊显示，台湾地区“立法委员”郑丽君与丈夫沈学荣申报土地4笔，建物11笔，存款高达1亿9699万余元，相较于2013年12月申报的存款增加约600万元。有价证券价值1亿907万余元的，比2013年12月申报的有价证券2亿2700万余元减少约1亿1793万余元。郑丽君事业投资申报2亿4030万余元，债权1亿8235亿余元，且没有债务。