南京大学工商管理系主要培养掌握企业管理理论和方法，能够从事企业经营管理等工作的专门人才。工商管理系设有企业管理一个本科专业，3个硕士点（企业管理、数量经济和工商管理）。

前身为国际企业管理系，成立于1986年。该系拥有教授14人（其中博士生导师8人），副教授8人，讲师7人。设有2个本科专业：企业管理、市场营销，3个硕士专业：企业管理、数量经济和工商管理（MBA），以及企业管理博士专业和企业管理博士后流动站。

该系主要培养具有扎实现代管理理论和经济理论基础、熟练掌握电子计算机和外语的综合管理型人才。

是国家级重点学科，拥有现代工商管理实验室。该系教师近年来出版了专著45部（包括境外出版），主编全国统编教材6部，在国内外重要核心刊物上发表论文145篇，主持参与国家级科研项目10项，省级科研项目38项，获国家级奖4项，省部级奖6项。该系还设有企业战略研究所、人力资源管理战略研究所、数量经济研究所等研究机构。