三江源国家公园管理局为青海省政府派出机构，规格为正厅级，承担三江源国家公园试点区以及青海省三江源国家级自然保护区范围内各类国有自然资源资产所有者管理职责。

2016年6月7日，三江源国家公园管理局（筹）正式挂牌成立并启动运行。同年11月10日，三江源国家公园管理局向全球发布形象标识。2017年11月9日，三江源国家公园管理局分别与智利西普勒斯国家公园、厄瓜多尔马奇琴度热带雨林国家公园签订生态保护合作交流框架协议。2018年11月18日，三江源国家公园管理局作为中国国家公园唯一代表参加了“中国企业与生物多样性伙伴关系”及成果发布边会。2020年6月1日，三江源国家公园管理局与中华环保基金会签署战略合作协议。2024年12月24日，三江源国家公园管理局就媒体报道“可可西里网红狼初代目被一辆大货车不慎压死”一事发布公告称，压死狼一事属实，但所压狼是否系网民关注的“初代目”无法判断。

2019年5月24日，三江源国家公园管理局成功申报为全国自然教育网络西北片区牵头单位。2021年，三江源国家公园管理局长江源（可可西里）园区国家公园管理委员会治多管理处荣获“全国工人先锋号”。2022年8月，三江源国家公园管理局长江源（可可西里）园区国家公园管理委员会可可西里管理处被表彰为“人民满意的公务员集体”。

三江源国家公园地处青海省西南部，地理范围为北纬32°26′4″—36°16′49″，东经89°24′6″—99°6′46″，总面积19.07万平方公里。

2014年10月29日，中国国家发展和改革委员会等六部委正式批复《青海省生态文明先行示范区建设实施方案》，提出探索中国国家公园制度，整合现有自然保护区、国家湿地公园、国家地质公园等保护区域，研究建立国家公园体制。2015年11月，在中国国家有关部委的指导支持下，青海向中央上报了《三江源国家公园体制试点方案》；12月9日，习近平总书记主持召开中央全面深化改革领导小组第十九次会议，审议通过《三江源国家公园体制试点方案》。12月11日，青海省委召开常委会议，部署中国三江源国家公园体制试点启动工作，会议决定成立中国三江源国家公园建设领导小组和工作办公室，由青海省委省政府主要负责人亲自领导。

2016年3月5日，中办、国办正式印发《三江源国家公园体制试点方案》，明确三江源国家公园的总体布局为“一园三区”，即三江源国家公园和长江源（可可西里）、黄河源、澜沧江源园区，总面积12.31万平方公里。3月10日上午，习近平总书记参加十二届全国人大四次会议青海代表团审议，强调要搞好中国三江源国家公园体制试点。3月21日，三江源国家公园体制试点领导小组召开第一次会议，研究部署三江源国家公园体制试点相关工作。4月5日，青海省委召开常委会议，会议审议并原则通过了《中共青海省委青海省人民政府关于实施的部署意见》。4月11日，青海省委、省政府印发《关于实施的部署意见》，确定了8个方面31项重点工作任务，提出了“一年夯实基础工作，两年完成试点任务，五年设立国家公园”的工作目标。4月13日，三江源国家公园体制试点动员大会召开。6月7日，三江源国家公园管理局（筹）正式挂牌成立并启动运行。9月26日，中国中央机构编制委员会办公室正式批复设立三江源国家公园管理局，为青海省政府派出机构，规格为正厅级。11月10日，三江源国家公园体制试点情况暨三江源国家公园形象标识通报会召开，三江源国家公园管理局向全球发布形象标识，是中国第一个国家公园的形象展示。

2017年11月9日，三江源国家公园管理局分别与智利西普勒斯国家公园、厄瓜多尔马奇琴度热带雨林国家公园签订生态保护合作交流框架协议，将在生态保护建设研究、人才培养等方面开展合作，共同促进国家公园生态保护建设工作。2018年10月16日，三江源国家公园管理局在西宁召开《三江源国家公园社区发展和基础设施建设专项规划》《三江源国家公园管理规划》《三江源国家公园产业发展和特许经营专项规划》《三江源国家公园生态体验和环境教育专项规划》《三江源国家公园生态保护专项规划》征求意见讨论会。11月18日，三江源国家公园管理局作为中国国家公园唯一代表参加了“中国企业与生物多样性伙伴关系”及成果发布边会，三江源国家公园作为最佳实践分享特邀单位之一在此次边会上携优秀案例进行分享。

2019年8月30日，“三江源生态公益司法保护中心”在三江源国家公园管理局挂牌成立。2020年5月8日，三江源国家公园管理局与三江源生态保护基金会联合为三江源国家公园生态管护员发放18000件巡护服装。6月1日，三江源国家公园管理局与中华环保基金会签署战略合作协议。

三江源国家公园实行集中统一垂直管理。建立以三江源国家公园管理局为主体、管理委员会为支撑、保护管理站为基点、辐射到村的管理体系。三江源国家公园管理局下设长江源(可可西里)、黄河源、澜沧江源园区国家公园管理委员会，管理委员会下设保护管理站。三江源国家公园管理局统一履行自然资源资产管理和国土空间用途管制职责。园区国家公园管理委员会具体负责本区域内国土空间用途管制，承担自然资源管理、生态保护、特许经营、社会参与和宣传推介等职责。保护管理站承担有关生态管护工作职责。

三江源国家公园所在地州人民政府负责协调推进辖区内国家公园保护、建设和管理相关工作。三江源国家公园所在地县人民政府负责行使辖区经济社会发展综合协调、公共服务、社会管理和市场监管等职责。三江源国家公园内乡镇人民政府同时履行国家公园保护管理站的职责。三江源国家公园内村民委员会配合做好生态保护工作。三江源国家公园所在地县人民政府涉及自然资源资产管理和生态保护的行政管理职责，由国家公园管理机构（三江源国家公园管理局、园区国家公园管理委员会、保护管理站的统称）统一行使。省和三江源国家公园所在地州人民政府发展改革、经济和信息化、教育、财政、民政、国土资源、环境保护、住房城乡建设、交通运输、水利、农牧、文化新闻出版、林业、商务、科技、旅游、扶贫开发等主管部门按照职责配合国家公园管理机构做好相关工作。

国家公园管理机构统一行使国家公园内自然保护区、地质公园、国际国家重要湿地、水利风景区等各类保护地的管理职责。青海三江源国家级自然保护区未纳入三江源国家公园范围的区域，由国家公园管理机构依法加强保护管理。三江源国家公园设立资源环境综合执法机构，履行资源环境综合执法职责，承担县域园区内外林业、国土、环境、草原监理、渔政、水资源、水土保持、河道管理等执法工作。国家公园管理机构会同有关部门建立健全生态管护公益岗位制度，合理设置生态管护公益岗位，聘用国家公园内符合条件的居民为生态管护员。生态管护员经培训持证上岗，协助国家公园管理机构对生态环境进行日常巡护和保护，报告并制止破坏生态环境的行为，监督禁牧减畜和草畜平衡执行情况。实行管护补助与责任、考核与奖惩、劳动报酬与绩效奖励相结合的生态管护员动态管理机制。

三江源国家公园管理局为青海省政府派出机构，承担三江源国家公园试点区以及青海省三江源国家级自然保护区范围内各类国有自然资源资产所有者管理职责。三江源国家公园管理局及其职能设置，可根据中央层面机构改革要求适时进行调整。三江源国家公园管理局通过综合规划、综合管理、综合执法，对三江源自然资源资产实行一体化、集中高效统一的管理和更加严格规范的生态保护。

2018年，三江源国家公园管理局设立首支藏羚羊迁徙护航队，并为其配发了必要保障物资。该队队员在尊重自然规律，确保不干扰藏羚羊活动的前提下，有组织、有计划地为羊群迁徙保驾护航，并于第一时间开展相关应急救护处置等工作。藏羚羊护航队还会利用专业监测设备观测藏羚羊种群数量，了解其个体习性，全程记录迁徙活动，在不断完善相关资料的基础上建立基本数据库。

在三江源国家公园管理局的领导统筹下，三江源国家公园基本建成以生态监测体系、生态管护体系、保护修复工程为主体的山水林田湖草沙冰保护新体系，各个生态系统得到保护和修复，水源涵养能力增强，野生动植物栖息地得到完整保护，生态安全屏障作用更加凸显。

2024年12月24日，三江源国家公园管理局就媒体报道“可可西里网红狼初代目被一辆大货车不慎压死”一事发布公告称，压死狼一事属实，但所压狼是否系网民关注的“初代目”无法判断。三江源国家公园管理局还表示，给野生动物投喂人类食物，可能会破坏野生动物自然觅食本能，从而影响生存能力甚至丧失野性，影响种群平衡，存在病害传播的隐患。人类食物中的高糖、高盐、高脂肪等成分，会造成野生动物肥胖，影响野生动物心血管健康，还会造成骨骼变形、脱毛、器官衰竭，甚至死亡等严重危害。