原绿藻门（Prochlorophyta）是藻体为单细胞、原核生物、含叶绿素a、b的藻类。现仅发现1种——原绿藻。

我国藻类学家曾呈奎在西沙群岛也发现了生于苔藓虫上的原绿藻。

原绿藻是美国藻类学家Lewin于加利福尼亚湾，在海鞘类动 物的泄殖腔中发现的，根据该藻单细胞、原核等特征将它放在蓝菌门。以后经过进一步研究，发现该藻含叶绿素a和叶绿素b，不含藻胆素，故认为归于蓝藻门中不妥，但又不能归于绿藻门。因此将该藻另建立一门即原绿藻门，以后在夏威夷群岛、墨西哥、澳大利亚、马绍尔群岛、加勒比海等热带海区相继发现，1980年3月。

20世纪70年代初，美国藻类学家柳文博士(Li,W.K.W)在下加利福尼亚州海湾考察海藻时，发现一种过去藻类学家们尚未认识的单细胞藻。这种单细胞藻的体积极其微小，附着生长在海鞘Ascidians体表。经过研究，这是一种原核生物。因此，柳文博士认为它属于蓝菌门的一个新“科”,并发表在《国际藻类杂志》上。