厦门大学机电工程系成立于1940年秋季，是厦门大学近年来适应社会发展而重建的一个高水平工科学院。该系由国际知名物理学家、电机工程学专家、杰出教育家萨本栋教授创立，曾是厦门大学规模最大、师资力量最强的学系之一。

厦门大学机电工程系的历史可以追溯到1940年秋天，由萨本栋教授亲自创办。最初的学生人数仅为9人，到了1944年，学生数量迅速增长至202人，成为当时厦门大学最受欢迎的学系之一。同期，厦门大学还设立了航空工程系，这是当时全国仅有的四个本科航空学系之一。由于机电工程系的发展迅速，在1948年分成了机械工程系和电机工程系。在1952年至1953年的全国院系调整中，这两个系的部分教师和优秀学生被分配到清华大学、浙江大学、东南大学、北京航空航天大学、南京航空航天大学等高校。这些学校在机电工程和航空工程领域的初创阶段，得到了来自厦门大学的重要支持。在这一时期，机电工程系培养了多届毕业生，他们分布在全球各地，其中许多人成为了世界知名的杰出人才。其中包括中国科学院院士艾兴、张启先、闵桂荣、阙端麟，国际电机及电子工程师协会院士葛文勋、苏林翘，台湾新竹科学工业园区的创始人、教育家、企业家何宜慈，中国工程院院士陈一坚，以及印度尼西亚著名实业家邵建寅等人。